В 1964 году семья Киссинджер распалась, несмотря на то что было двое детей – сын и дочь. Энн не выдержала многочисленных деловых поездок мужа. Через несколько лет Киссинджер женился на Нэнси Меджинесс. Она тоже была политологом по специальности и работала у Нельсона Рокфеллера. Нэнси стала верной спутницей и помощницей Генри во всех его начинаниях.
При администрациях президентов Дуайта Эйзенхауэра, Джона Кеннеди и Линдона Джонсона Киссинджер работает в качестве консультанта в различных координационных советах, в Совете национальной безопасности, Агентстве по контролю над вооружениями и разоружению, Государственном департаменте. Находясь на этих постах, он имел возможность влиять на формирование внешней политики США. В 1965 г. появляется его очередная книга – «Беспокойное партнерство: пересмотр Атлантического союза». Автор признал возросшую роль стран Западной Европы в системе НАТО и призывал американскую администрацию обратить на это серьезное внимание.
В октябре 1965 г., вскоре после начала бомбардировок Северного Вьетнама, Киссинджер был направлен во Вьетнам в качестве советника американского посла. Понимая, что американцы не смогут одержать победу, он начинает осторожно готовить почву для переговоров. Тогда это казалось совершенно безнадежным делом. Однако Киссинджер не только нашел возможность начать переговоры в разгар вьетнамской войны, но и сумел убедить обе стороны в их необходимости. В результате его усилий в 1968 г. в Париже начались мирные переговоры. Их нельзя назвать успешными, но начало было положено. В том же году Киссинджер стал советником Нельсона Рокфеллера во время его безуспешной попытки стать кандидатом в президенты от республиканской партии.
Новым, 37-м президентом США стал республиканец Ричард Никсон. Он пригласил политика Киссинджера занять высокий пост в своей администрации. В январе 1969 года Киссинджер оформил отпуск в Гарвардском университете и занял должность помощника президента по вопросам национальной безопасности. В круг его обязанностей входили консультации по международной и военной политике. С Никсоном Киссинджера связывали не только деловые отношения, но и личные.
Однако очень скоро он понял, что полнота контроля над внешнеполитическим процессом не может быть достигнута лишь планированием политики и контролем над ее реализацией. Необходимо было самому браться за ведение переговоров. Киссинджер начал активно действовать на дипломатическом поприще. Он взял в свои руки нити переговоров по вьетнамской проблеме, по вопросам американо-советских и американо-китайских отношений, ближневосточной проблеме и по целому ряду других направлений внешней политики США.