Кроме офицеров и белоказаков в подполье входили различные чиновники, представители карательных органов, бывшей царской охранки, буржуазная интеллигенция. Кроме того, монархисты, кадеты, правые эсеры и прочие «социалисты» — всех их объединила лютая ненависть к Советской власти. У правых эсеров, например, боевая группа насчитывала около 50 человек.
— Словом, — подвел на одном из оперативных совещаний предварительные итоги Лобов, — контрреволюционная организация в нашем городе создала вполне дееспособную боевую структуру, хорошо продуманный план действий, запасы оружия, отлаженную связь с дутовскими подразделениями. Из всего этого нам нужно извлечь и хорошенько запомнить урок, который состоит, пожалуй, не столько в том, чтобы «взять» подполье накануне его выступления, сколько в том, чтобы не дать возможности ему организоваться, сплотиться, окрепнуть.
Суровое было время, беспощадное. Гражданская война разгоралась. Работать приходилось на износ, сутками. Кашель все больше и больше одолевал Ивана Федоровича, появилось кровохарканье. Для того, чтобы поправить как-то здоровье, его направляют в Ташкент. Но и здесь было не до себя. Чуть-чуть подлечившись, Лобов активно включился в формирование и организацию Туркестанской ЧК. Принимает он непосредственное участие в раскрытии заговора английского разведчика Бейли и в подавлении эсеровского мятежа Осипова. После чего Лобов направляется для чекистской работы в подразделения Красной Армии. Он становится начальником особого отдела Ташкентской группы войск, а затем начальником особого отдела Актюбинского фронта.
Здесь под его руководством и при непосредственном участии проводится ликвидация опаснейшей авантюры бывшего командующего фронтом эсера Колузаева. Он был снят за развал фронта, но не подчинился решению Военно-революционного совета республики, нового командующего фронтом признать отказался, колузаевцы стали проводить провокационную работу в армейских частях. При аресте и разоружении мятежников Лобов едва не был зарублен, только выдержка, хладнокровие и немалый уже опыт оперативной работы помогли Ивану Федоровичу избежать смертельного исхода.
В непрерывной работе, в открытых сражениях, в стремительных схватках с затаившимся врагом, готовым из-за угла нанести удар в спину, в ночных анализах событий, ситуаций, следственных материалов промелькнуло лето. Сил порою уже не хватало. Он держал себя только железной своей волей, спешил сделать для революции, для победы Советской власти как можно больше.
К осени 1919 года получен новый приказ, из которого следовало, что И. Ф. Лобов переводится в Оренбург на работу в особый отдел при РВС Первой армии. Горячо, энергично, умно берется он за дело на новом месте. Но силы его тают. Товарищи с беспокойством и тревогой следят за состоянием его здоровья.