Отечественная контрреволюция при содружестве и почти открытой поддержке мирового империализма, с одной стороны, с другой — капиталисты и спекулянты также как отечественные, так и иностранные… наконец, недобросовестное, преступное отношение к своим обязанностям со стороны некоторых должностных лиц, примазавшихся… к Советской власти, — вот основные факторы… делающие работу ВЧК не только значительной по объему, но и крайне важной в общегосударственном смысле. От полноты, интенсивности и своевременности мероприятий, принимаемых ВЧК, зависит, может, самое бытие Советской Республики. Работники Комиссии, уже перегруженные работой, в течение нескольких месяцев оторваны ввиду своей занятости от какого бы то ни было общения со своей партией, Советами и массами. Связь же эта необходима и для успешности работ Комиссии и для привлечения самих масс к этой работе, без чего труды ВЧК не могут быть плодотворны…» В заключение Ф. Э. Дзержинский просил дать ВЧК пополнение в лице наиболее идейных, ответственных товарищей «…для тяжелой, но необходимой работы — по защите революции» («Из истории ВЧК». Госполитиздат, 1958, с. 112).
Исходя из этих установок, создавая Оренбургскую губернскую ЧК, губисполком направил туда на работу надежных товарищей из числа партийных и советских работников. Возглавил губчека известный в Оренбурге революционер-подпольщик Иван Федорович Лобов (в 1918 году умер от туберкулеза, похоронен в Оренбурге).
Между тем обстановка в городе и губернии по-прежнему оставалась острой. Чекистами были разоблачены и обезврежены много численные антисоветские заговорщицкие группы и вооруженные банды, но на фронте дела шли все хуже. Летом 1918 года под напором превосходящих сил атамана Дутова пришлось оставить Оренбург и отступить в район Актюбинска. Начались тяжелые оборонительные бои. Находясь в войсках, чекисты вели борьбу с контрреволюционными элементами в Красной Армии, способствовали поддержанию высокой воинской дисциплины, боеготовности частей, вели разведку в тылу врага. Осенью 1918 года Красная Армия перешла в решительное наступление и в январе 1919 года освободила Оренбург. Губком партии и губисполком приняли меры к воссозданию губчека и укреплению ее надежными кадрами. Возглавил Чрезвычайную комиссию большевик с дореволюционным стажем Петр Романович Бояршинов. Немало славных дел на счету оренбургских чекистов в тяжелые годы гражданской войны. Широко используя помощь населения города, они получали необходимые сведения о контрреволюционерах, саботажниках и спекулянтах, проникали в белогвардейское подполье, обезвреживали диверсантов, шпионов и террористов. Благодаря самоотверженной работе чекистов, контрреволюционным силам в городе так и не удалось объединиться и выступить единым фронтом одновременно с дутовцами, вновь появившимися весной 1919 года у стен Оренбурга. С апреля по июнь 1919 года длилась осада города белоказачьими войсками генералов Дутова и Белова. Однако красноармейцы и рабочие Оренбурга под руководством М. Д. Великанова, впоследствии видного советского военачальника, отразили все атаки и удержали Оренбург. Битва эта вошла в историю как Оренбургская оборона.