Окрепший после ранений, в марте 1918 года Богородский пришел в Москве в Центральный Комитет партии, попросил командировать его на работу в Нижний Новгород. Но совершенно неожиданно (по образованию — юрист) получил направление на самый трудный фронт тех дней — в ВЧК. Начались бессонные ночи. В большом доме на Лубянке жизнь не прекращалась ни на минуту, сутками напролет.
В мае Богородского переводят в Нижний Новгород, он начинает работать в следственной комиссии трибунала, а затем возглавляет отдел по особо важным делам. Одновременно сотрудничает в газете «Рабоче-крестьянский Нижегородский листок».
С началом наступления Деникина на Москву жизнь Богородского снова делает крутой поворот.
В 1919 году Деникин начал свой основной поход против Советской власти… Наши войска терпели поражение за поражением. Белые приближались к Москве. Положение Советской Республики становилось более чем серьезным.
На собрании коммунистов губчека было решено послать добровольцев на фронт. В числе многих товарищей пошел и я. Меня назначили в политотдел Волжской военной флотилии.
1 мая 1919 года толпы народа высыпали на улицы, украшенные красными стягами и флагами. Чекисты в черных кожаных тужурках стройными рядами шли по Б. Покровке, возглавляя демонстрацию трудящихся. Мне выпала честь нести знамя.
На другой день я уже был на пароходе, где разместился политотдел Волжской военной флотилии. Отгудели гудки, прогремели трапы, отданные концы упали в бурлящую воду, и наше судно медленно отшвартовалось от стенки. В кают-компании собрались матросы. Какие только надписи не пестрели на ленточках их бескозырок! «Россия», «Рюрик», «Гангут», «Петропавловск», «Самсон», «Олег»…
Но вот неожиданно раздались звуки рояля… Сразу почувствовалось, что играет мастер. Матросы затихли — сквозь мерный шум машин возникли глубокие аккорды Чайковского. Играл юнга. Синий воротник белой форменки взбился на плечах, ленточки бескозырки прижались к щекам, но пальцы умело и решительно бегали по клавишам. Это был молодой пианист (впоследствии известный музыкант) Виктор Городинский, шедший с нашим отрядом на фронт.
Около Саратова группа моряков, а среди них и я, отделилась, чтоб сесть на поезд. Крупные отряды балтийских и черноморских матросов шли на Дон, где орудовал генерал Краснов. Донской флотилией командовал капитан Делло, а военкомом был балтиец Андрей Бабкин. Я был назначен комиссаром отряда судов Нижнего Дона.
Но мы уже запаздывали. Белое казачество наступало на флангах, и мы были вынуждены покинуть занятые было позиции… Около тысячи матросов шло по выжженным донским степям. Днем нас жгло пылающее солнце, а по ночам жали казаки. В покинутых селениях было пусто. Пить из колодцев мы опасались: вода могла быть отравлена. Падали лошади, усталые руки тащили обозные повозки. Увязшие орудия матросы выволакивали на своих спинах… Ползли тяжкие дни. Голодные, оборванные матросы несли раненых и больных, но ни одной жалобы не было слышно среди измученных людей! Это шла великая русская сила! Шли «братишки», чтобы опять расправить свои плечи в полосатых тельняшках и ураганом снести с лица земли белогвардейскую сволочь!