Его картины все чаще появляются на союзных и зарубежных выставках. Очень строгая в выборе произведений живописи Государственная Третьяковская галерея покупает картину Богородского «Матросы в засаде».
Он много ездит по стране: по индустриальным центрам Поволжья, Донбассу, Белоруссии, Крыму, по старым городам Подмосковья. Каждая поездка — это новые наблюдения, эскизы, законченные работы. На шахте «Смолянка» пишет портреты передовых шахтеров.
В годы Великой Отечественной войны, с первого налета вражеской авиации на Москву, Федор Семенович дежурит ночами на крыше Дома художников.
В трудные дни ноября 1942 года Богородский отправляется в Сталинград. Под огнем, лавируя между льдинами, лодка, в которой вместе с солдатами переправляется уже немолодой, совсем седой художник, с трудом достигла правого берега. Два месяца провел он среди моряков из бригады морской пехоты. Здесь под почти непрерывным обстрелом, под бомбежками Федор Семенович работал над групповым портретом защитников Волжской твердыни, которые насмерть стояли на рубеже Банного оврага. Это были легендарные герои. Когда гитлеровцы прорвались почти к самой Волге, моряки поднялись в контратаку. В полный рост и с яростным криком: «Полундра!» они так стремительно рванулись навстречу фашистам, что те повернули вспять. Богородский писал эскиз за эскизом под грохот канонады. Писал и вспоминал свою молодость, такую же лихую контратаку в этих местах на подступах к Царицыну в конце июля девятнадцатого года, когда он — комиссар, сжимая в правой руке гранату, повел «братишек» на врага.
Недолго высидел дома после благополучного возвращения с берегов Волги. В марте 1943 года Богородский с военными летчиками прилетел в осажденный Ленинград. И здесь он — в родной стихии, среди моряков Краснознаменного Балтийского флота. Потрясенный мужеством защитников города, ленинградцев, он жил и вдохновенно работал в блокадном городе, пока не попал под артиллерийский обстрел. Тяжело контуженного художника вывезли на Большую землю.
Осенью 1944 года его можно было встретить на наших фронтовых аэродромах в Румынии и Венгрии со строгим предписанием авиационного генерала:
«Окажите тов. Богородскому всемерную помощь в выполнении его ответственной и очень важной работы».
Он создает монументальное полотно «Слава павшим героям». В тысячах репродукций картина расходится по всей стране, она воспринимается как памятник героям, отдавшим жизнь в тяжелейшей битве за Родину. Когда создавалась серия марок, посвященная двадцатилетию Победы, из массы картин и плакатов о Великой Отечественной войне было отобрано для репродуцирования всего шесть работ, и среди них эта картина академика Федора Семеновича Богородского.