Покончив с Каджораном и Галесунгом, новый голландский командующий Я. Коупер, соединив свои силы с войском Аманг-курата II, начал новое наступление на область, занятую Тру-наджайей. В декабре 1679 г. голландско-матарамские войска окружили горную крепость Нгантанг, где укрепился Трунаджайя. 25 декабря измученный голодом гарнизон крепости сдался. Трунаджайя бежал в лес с тремя сотнями приверженцев, но 27 декабря капитан йонкер с отрядом наемных амбонцев-христиан настиг его и убедил сдаться, гарантировав ему от имени сусухунана неприкосновенность. Трунаджайя был доставлен в ставку Амангкурата II, который объявил, что прощает его и назначает наместником Мадуры. Клятва, данная монархом, была, таким образом, соблюдена. Но 2 января 1680 г. Амангку-рат II снова вызвал Трунаджайю к себе и сам нанес ему первый удар крисом. Затем охрана сусухунана добила вождя восстания. Вместе с ним были перебиты и другие сдавшиеся в плен повстанческие командиры. Народу было объявлено, что неблагодарный Трунаджайя собирался убить сусухунана во время аудиенции [132, с. 222; 215, т. I, с. 170; 242, с. 408–409; 263, с. 179].
Но гибель основных повстанческих вождей не положила конец войне. Правда, время огромных повстанческих армий, занимавших обширные территории, миновало, восстание приняло очаговый характер. В то же время эти очаги появились в новых районах, не затронутых ранее крестьянской войной, — на юге и в центре страны, и вожаками восстания на этом этапе стали, как правило, выходцы из социальных низов — беглые рабы, мелкие ремесленники, торговцы-разносчики, бродячие мусульманские проповедники — «дервиши». Наиболее яркой личностью среди этих вождей второго поколения был Раджа Нимруд. Подлинное имя его осталось неизвестным. Но он, разумеется, не был раджей. Буг по национальности, он в молодости был продан в рабство в Батавию, бежал оттуда и в 1679 г. собрал на Центральной Яве многонациональную группу «мусульманских фанатиков», как их именуют голландские источники, и развернул здесь знамя священной войны против голландцев и их ставленника Амангкурата II. Подчеркивая свою связь со всем мусульманским миром в борьбе против «неверных», он назвал свою главную крепость в области Баньюмас «Месир» — «Египет», а сам принял имя Раджа Нимруд (царь Немврод — библейский персонаж, популярный в мусульманской священной истории) [209, с. 88–89].
Социальная программа Раджи Нимруда до нас не дошла, но он явно противопоставлял себя Амангкурату I, как «доброго» крестьянского царя, который принесет облегчение народным массам. Еще более демократический очаг восстания образовался в деревне Ванакусума в области Паджанга. Источники не называют здесь имени вождя. Руководство восстанием было, видимо, коллегиальным, так как голландцы называют восставших «люди Ванакусумы». О силе этого восстания свидетельствует хотя бы тот факт, что «люди Ванакусумы» в 1680–1681 гг. дважды атаковали новую столицу Амангкурата П.Картасуру и эти атаки были с трудом отбиты голландскими войсками под командованием капитана Яна Слоота [209, с. 89; 263, с. 180; 280, с. 93].