В 1601 г. Сенапати умер. Его государство осталось во многих отношениях недостроенным. На престол взошел младший сын Сенапати Седа Инг Крапьяк. Старший сын Сенапати — Пангеран Пугер получил в удел лишь княжество Демак, ибо его мать была женщиной незнатного происхождения. Третий сын Сенапати — Пангеран Джагарага получил в удел княжество Панарага, расположенное к югу от Мадиуна. Сохранение удельной системы при наследниках Сенапати стало питательной почвой для феодальных мятежей, которые раздирали молодое государство Матарам долгие годы, не давая возможности Седа Инг Крапьяку собрать силы для борьбы с Сурабаей. Уже в первый год правления молодого государя Пангеран Пугер заявил свои права на престол Матарама. Опираясь на ресурсы Демака и помощь Сурабаи, он пять лет вел против своего брата опустошительную войну. Голландский адмирал Якоб ван Хеемскерк, посетивший со своей эскадрой в 1602 г. порты Демака и Сурабаи, вступил в сношения с претендентом и оказал ему военную помощь. Наступление матарамцев на Демак в этом году было отбито в значительной степени благодаря огню голландских канониров. Только в 1605 г. мятеж Пангерана Пугера был подавлен, а сам он был отправлен в ссылку. Затишье в Матараме было недолгим. Вскоре против Седа Инг Крапьяка поднялся другой его брат, Пангеран Джагарата. Только в 1608 г. его удалось схватить. Так же как и его брат, он не был казнен, его отправили в ссылку. Правда, оба они были при этом лишены слуг — неслыханное унижение для яванских вельмож [132, с. 104–105; 209, с. 36].
Только в 1610 г. положение в Матараме стабилизировалось настолько, что Седа Инг Крапьяк смог возобновить войну с Сурабаей. В течение трех лет его войска вторгались на сурабайскую территорию, опустошая сельскую местность. В 1613 г. матарамцы приступили к осаде самой Сурабаи. Голландцы, уже имевшие факторию в Сурабае, решили не ссориться с возможным победителем и открыли в этом же году вторую факторию на матарамской территории — в Джапаре. Но прежде чем осада Сурабаи дала какие-нибудь результаты, Седа Инг Крапьяк погиб на охоте [134, с. 20].
На престол был возведен младший сын Седа Инг Крапьяка (возможно, несовершеннолетний) Адипати Мартапура. Однако несколько месяцев спустя новый государь был отстранен от власти под тем предлогом, что он страдает душевной болезнью. После борьбы в придворных кругах между кандидатами на трон к власти пришел старший брат Адипати Мартапуры принц Рангсанг, вошедший в историю как султан Агунг (впрочем, титул султана он принял только в конце своего правления).