В конце 1624 г. началась осада Сурабаи. С суши ее осаждала 100-тысячная армия Агунга. Крейсировавшие в Мадурском проливе голландские корабли препятствовали подвозу продовольствия в город по морю. Агунг не мог взять сильное укрепленную Сурабаю штурмом, поэтому он решил взять город измором. Положение стало критическим, когда войска Агунга отвели реку, снабжавшую город водой. От голода и эпидемий в 1625 г. большая часть жителей Сурабаи умерла. Тогда старый, ослепший князь Сурабаи Сапанджанг решил капитулировать. Агунг сохранил ему жизнь и оставил доживать век в Сурабае. Но у его династии была отнята даже номинальная власть над этим обширным княжеством. Сын Сапанджанга, Пангеран Пекик, был увезен в Матарам. Здесь Агунг выдал за него замуж свою сестру, но, так же как и другие представители старой знати, пангеран Пекик был обязан постоянно жить в столице Матарама [134, с. 93; 158, с. 216; 263, с. 129].
В следующем году, угрожая применением силы, Агунг заставил князя-«папу» Гири признать сюзеренитет Матарама, ав 1627 г. он напал на последнее независимое княжество Центральной Явы — Пати. Князь Пати за три года до этого отсрочил нападение, заключив с Матарамом династический брак. Но теперь пришел и его черед. Он тщетно пытался найти опору в оппозиционных кругах при Матарамском дворе и поднять восстание в северных округах Явы. Агунг лично повел войско против Пати. Защитники Пати сражались до последнего. 20 тыс. воинов Пати пало в бою. Овладев городом, разъяренный Агунг приказал перебить все мужское население, включая пангерана и его семью. В 1627 г. процесс «собирания земель» Агунгом был в основном закончен. За пределами его владений остались только Бантам, Батавия и крайний восток Явы, находившийся под контролем Бали [158, с. 216; 209, с. 42].
Государство Матарам, как оно сложилось к тому времени, при Агунге состояло из трех зон, более или менее традиционных для всех яванских крупных государств. Первая зона — Негара или Негара Агунг, ядро державы, домен сусухунана; вторая зона — Манча Негара (Внешние провинции) делилась на северные, прибрежные — Пасисиран и провинции, лежащие к западу и востоку от домена; третья зона — Бангветан (Мадура и крайний восток Явы, который был окончательно завоеван только к концу правления Агунга).
Первая зона находилась под непосредственным управлением сусухунана, во главе провинций второй зоны стояли ближайшие родственники сусухунана, во главе провинций третьей зоны — потомки старых правящих фамилий завоеванных княжеств. До и после Агунга (например, в конце XVII–XVIII в.) власть этих вассальных князей второй и третьей зоны была весьма велика, и они не раз выступали в качестве конкурентов по отношению к верховному правителю. Но при Агунге уровень централизации Матарама был гораздо выше, чем когда-нибудь прежде на Яве. При нем начало складываться государство нового для этой области типа, феодальная деспотия, подобная сложившейся примерно в это же время феодальной деспотии Прасат Тонгов в Сиаме.