После Брестского мира, с марта по октябрь 1918 года, Балахович – командир 1-го Лужского коннопартизанского полка Красной армии. Летом участвует в подавлении крестьянских волнений («кулацких мятежей») под Лугой.
В октябре 1918 года уводит часть своего полка в оккупированный немцами Псков, где в это время формируются белые войска. После бегства немцев, с ноября 1918 года, ротмистр, а затем подполковник Балахович командует отрядом в составе Северного корпуса белых (командующий – полковник Дзерожинский).
Весной 1919 года – командир «конного полка имени Балаховича», действующего на территории Эстонии в составе эстонской армии генерала Лайдонера.
В том же качестве переходит в русский Северный корпус генерала Родзянко, базировавшийся под Нарвой; произведен в полковники одновременно русской и эстонской армии; активно воюет с красными. С мая по август – фактический военный диктатор Пскова; именует себя «атаманом крестьянских и партизанских отрядов», «командующим войсками Псковского и Гдовского района». Любимый титул – батька.
В июле 1919-го приказом главнокомандующего войсками Северо-Западного фронта генерала от инфантерии Николая Николаевича Юденича произведен в генерал-майоры.
В августе приказом того же Юденича смещен с должности; при попытке ареста скрылся.
Осенью организует крестьянско-бандитские отряды зеленых в районе Печор.
В конце 1919 года – генерал-майор эстонской армии.
В январе 1920 года предпринял неудачную попытку арестовать Юденича.
В марте 1920-го с отрядом бойцов отбыл в Польшу.
Летом – осенью 1920-го, в разгар Советско-польской войны, вместе с Савинковым руководит партизанскими рейдами в тыл красных на территории Белоруссии.
Перемирия, заключенного правительством Польши с Советской Россией, не признал.
В ноябре 1920 года провозглашает себя Начальником Белорусского государства и Главнокомандующим всех вооруженных сил на территории Белоруссии.
После поражения, понесенного от красных, его армия интернирована в Польше; сам Балахович принят на польскую службу в чине генерал-майора.
С 1921 по 1939 год – инспектор кавалерии резерва Войска польского. Живет в собственном имении в Беловежье, занимается коммерцией. С 1928 года – один из руководителей белоэмигрантского Союза защитников отечества.
По некоторым сведениям, впрочем не особенно надежным, в 1936 году состоял при генерале Франко в Испании в качестве консультанта по вопросам ведения разведывательно-диверсионной войны против республиканцев.
Трижды женат; отец двоих сыновей и пяти дочерей.
Убит в 1940 году в оккупированной немцами Варшаве при невыясненных обстоятельствах.