Во главе городского управления стоял посадник. Его выбирали на год или два.
Важную роль в городе играл архиепископ. Помимо управления новгородской духовной корпорацией, он ратифицировал международные договоры города, осуществлял контроль финансовой деятельности, хранил городскую казну и эталоны мер и весов. Это на первый взгляд странное «увлечение» мирскими заботами было предопределено огромными земельными угодьями, оказавшимися в руках новгородских иерархов. В результате, как и новгородские бояре, церковь включилась в рыночные отношения и весьма преуспевала на этом поприще.
Интересы незнатных слоев города представлял в основном тысяцкий. До XIV в. он избирался из торгово-ремесленной среды, а затем — из боярской. В мирное время он ведал торговыми делами, принимал участие в работе суда, а в период военных действий помогал князю: руководил народным ополчением.
Князь и его дружина не имели в городе земельных владений, поскольку приглашались городом на службу на определенный срок. Предварительно кандидатура князя обсуждалась городской верхушкой, после чего с ним заключался договор (их сохранилось около 80 за XIII–XV вв.). Судя по дошедшим до наших дней документам, функции князей ограничивались командованием дружиной. Вмешиваться в административно-политическую жизнь города они не могли.
Все действующие высшие должностные лица, избиравшиеся ранее тысяцкие и посадники совместно с представителями наиболее знатных родов входили в городской совет господ. Первоначально его численность достигала 300 человек, к XV в. она сократилась до 50.
По такому же демократическому принципу строилась административная система управления. Ее низшей единицей была улица. Жители улицы выбирали уличанских старост, каждый из них имел свою печать и вечевую избу, где разбирал конкретные дела. Улицы входили в один из пяти районов (концов) города, управлявшихся выборными кончанскими старостами, которые также имели свою печать и казну.
На высшие государственные должности (прежде всего посадников) избирали только членов влиятельных аристократических семей. Да и само вече по составу было скорее аристократическим: в его работе принимали участие от 300 до 500 человек — представители крупнейших боярских семей. Не исключено, что в число вечников с XIII в. входили также наиболее богатые новгородские купцы. В XV в. состав участников веча сузился до 40 боярских родов. Тем не менее даже в этих условиях административная система города продолжала формироваться на основе выборов.
Есть и другая точка зрения, в соответствии с которой в новгородском вече принимали участие все взрослые жители Новгорода, независимо от их социального статуса, а возможно, и жители новгородских пригородов, в том числе сельских. Крупнейшим из новгородских пригородов (то есть городов, не имевших своего веча) был Псков, позднее отделившийся от Великого Новгорода и превратившийся в самостоятельное государство. Правда, в религиозном отношении Псков продолжал подчиняться новгородскому архиепископу.