Поначалу регентский совет во главе с Джеймсом Гамильтоном, графом Арраном (он был правнуком короля Якова II и первым в очереди наследования после Марии) склонялся к сближению с Англией: был подписан Гринвичский договор, согласно которому Мария должна была в будущем выйти замуж за принца Эдуарда, наследника английского престола. Однако король Генрих, не дожидаясь свадьбы, стал требовать слишком многого – и совет вместо Англии стал искать близости с Францией, а Гринвичский договор был расторгнут. Естественно, Генриху VIII это не понравилось – и в Шотландию вторглись английские войска, остановить которые удалось лишь с помощью французских войск, которые призвала на помощь Мария де Гиз, в этот тяжелый момент добившаяся для себя регентства.
В июне 1548 года был подписан договор о браке королевы Марии Стюарт и дофина Франциска, наследника французского престола, и вскоре пятилетнюю королеву отправили к французскому двору.
Вместе с ней в Париж прибыли ее брат Джеймс Стюарт (незаконнорожденный сын Якова V) и «четыре Марии» – юные девушки из аристократических семей, тезки маленькой королевы. Генрих II, как и его супруга Екатерина Медичи, очень полюбил юную Марию – пожалуй, это был единственный за всю их жизнь случай, когда они сошлись во мнениях.
Благодаря им Мария получила прекрасное образование: она знала математику, литературу, этикет, языки – испанский, итальянский, латынь, древнегреческий и, конечно, французский. Умела слагать стихи, петь, танцевать и играть на музыкальных инструментах, прекрасно ездила верхом, обожала охоту и светские игры. Юная королева выросла в одну из первых красавиц Европы: нежное лицо с чудесной атласной кожей, точеная фигура, роскошные пепельные волосы, прекрасные бархатные глаза и пунцовые губы вдохновляли придворных поэтов. В феврале 1558 года пятнадцатилетняя королева была обвенчана со своим суженым, которому к тому моменту едва исполнилось четырнадцать. Мария де Гиз, желавшая укрепить свои позиции в Шотландии с помощью французского короля, подписала от имени Марии секретное дополнение к брачному контракту: если у пары не будет детей, Шотландия отойдет во владение французской короне.
В конце 1558 года на английский престол взошла Елизавета. С точки зрения канонического права она не имела прав на корону: во-первых, ее отец Генрих VIII женился на ее матери Анне Болейн, хотя его развод с первой женой не был утвержден папой римским, и, во-вторых, позже сам Генрих аннулировал этот брак, превратив Елизавету в незаконнорожденную. По настоянию французского двора Мария Стюарт, которая была внучкой Маргариты Тюдор, сестры Генриха VIII, немедленно объявила о своих правах на английскую корону. Это было опрометчивое решение: у Шотландии не было сил, чтобы воевать с Англией за корону, Франция не собиралась поддерживать эту войну, а Англия окончательно рассорилась с обеими странами. Однако все последствия этого шага Мария увидит еще не скоро.