Гитлер считал, что столь сложные задачи нельзя возлагать на армию, поэтому они были поручены СС, которую возглавлял рейхсфюрер Генрих Гиммлер. В секретной директиве Верховного командования вермахта от 13 марта 1941 г. под названием «Инструкция об особых областях к директиве № 21 (план “Барбаросса”)» говорилось:
Для подготовки политического управления в районе боевых действий сухопутных войск рейхсфюрер СС получает специальное задание, которое вытекает из идеи борьбы двух диаметрально противоположных политических систем. В рамках этого задания рейхсфюрер действует самостоятельно и на свою ответственность. <…> Рейхсфюрер СС отвечает за то, чтобы выполнение его задач не нарушало хода боевых операций. Дальнейшие детали главное командование сухопутных войск должно согласовать непосредственно с рейхсфюрером СС[6].
«Специальное задание», которое получил Гиммлер, в этом документе не излагалось, но, вероятно, под ним подразумевалось истребление «еврейско-большевистской интеллигенции» соответственно распоряжениям Гитлера, которые были даны десятью днями ранее. Иными словами, документ давал СС полномочия уничтожать всех, кого они сочтут принадлежащими к советской политической системе. Непосредственное исполнение «специального задания» возлагалось на Главное управление имперской безопасности – РСХА (RSHA – Reichssicherheitshauptamt), которым руководил Рейнхард Гейдрих, подчинявшийся Гиммлеру.
В мае и июне 1941 г. руководство вермахта издало три директивы, которые заложили «законную» основу политики террора на территориях Советского Союза. Первая, от 13 мая 1941 г., «Директива об особых полномочиях войск», санкционировала любые зверства по отношению к гражданскому населению территории плана «Барбаросса» со стороны любого немца; вторая, от 19 мая 1941 г., являлась дополнением к плану «Барбаросса» под названием «Инструкции о поведении вооруженных сил в Советском Союзе»; третья, от 6 июня 1941 г., известна как «Указ о комиссарах». В этих трех документах однозначно предписывалось расстреливать без суда и следствия советских жителей, как военных, так и гражданских, подозревающихся во враждебной деятельности по отношению к немцам. О евреях говорилось лишь в документе от 19 мая:
Большевизм – это заклятый враг [Todfeind] немецкого народа. <…> В этой войне потребуются незамедлительные и жестокие действия против подстрекателей, партизан, большевистских террористов и евреев, тотальное подавление всякого активного или пассивного сопротивления.
Сам факт причисления евреев к врагам немецкого народа вместе с подстрекателями, партизанами и т. д. был призван оправдать их массовое уничтожение. Последующие директивы еще в большей мере вовлекли немецкую армию в военные преступления и в преступления против человечности.