Обучение в Академии было закончено с высокими оценками. Алексеев был награжден именной «Милютинской премией» в 1000 рублей, хотя и не получил золотой медали и его фамилия не была занесена на почетные «мраморные доски», украшавшие стены Академии>{9}.
Тем не менее высокий результат при прохождении «дополнительного» (третьего) курса Академии давал право на зачисление в списки офицеров Генерального штаба и на самостоятельный выбор «вакансии» для продолжения службы. Кроме того, «за отличные успехи в науках» он был 13 мая 1890 г. произведен в капитаны по Генеральному штабу. Так его биография оказалась тесно связана с этим самым авторитетным в России военно-научным и учебным заведением.
Изменилась и личная жизнь генштабиста. Вскоре после окончания учебы он обвенчался с Анной Николаевной (в год венчания ей было 19, а ее жениху — 33 года). Будучи дочерью батальонного командира Казанского полка, она познакомилась с Михаилом Васильевичем еще в годы его службы ротным командиром. Учась в Академии, он доверительно советовался с ней но самым разным вопросам — от подарков родственникам до выбора места будущей службы. Девушка из военной семьи, она не возражала против того образа жизни, который предпочитал се будущий супруг: «Делу — время, потехам и развлечениям — часы». Однако в семье она стала «главнокомандующим» и, никогда не нарушая служебного режима мужа, «по мере продвижения» Алексеева «по служебной иерархической лестнице умела соответственно поставить и вести свой дом». В январе 1891 г., на Святках, в г. Екатеринославе состоялась их свадьба. А в декабре того же года у переехавших в Петербург Алексеевых родился первенец, Николай. В феврале 1893 г. родилась дочь Клавдия, и в 1899 г. — Вера — будущая хранительница семейного архива, автор книги о своем отце. Непродолжительное свободное от службы время Алексеев проводил в кругу семьи. Вместе с супругой они любили ходить на камерные концерты молодого, только что закончившего Консерваторию, С.В. Рахманинова.
Интересный источниковедческий факт: немалая часть информации об отношении Михаила Васильевича к тем или иным вопросам военного дела, обустройства тыла и даже политического порядка содержится не столько в рапортах, докладных и служебных записках, сколько в частной, семейной переписке. Психологически это вполне объяснимо. Ведь именно в семье, в общении с самыми близкими ему людьми, обладавшими безусловным доверием генерала, он, не отличающийся открытостью характера, мог позволить себе «излить душу», найти столь необходимую подчас моральную поддержку и опору Письма отнюдь не писались им но принципу: «Все хорошо, а будет еще лучше». Тому способствовала и почти утраченная, к сожалению, культура эпистолярного жанра, свойственная многим представителям русской интеллигенции на рубеже столетий…