Вторая работа на тему «Основная идея стратегической операции, се постепенное развитие и окончательная установка» оказалась более сложной. Примечательна характеристика будущим Главковерхом особенностей стратегии как науки. Алексеев писал, что при оценке его работы «столкнулись два противоположных мнения, и мнения, касающиеся не реального, а идеи в нашем военном деле. Но ведь идея — не математика, доказать то или иное отвлеченное положение нельзя… Область же нашей науки “стратегии” не поддается каким-либо положительным правилам… Могут быть принципы, но и с теми не все согласны». Сложность защиты, как полагал Алексеев, заключалась отнюдь не в каких-либо «интригах», а в принципиальных разногласиях, возникших у него с новым преподавателем стратегии, генерал-лейтенантом Н.Н. Сухотиным. Последний не во всем поддерживал методику разработки стратегических планов, ранее установленную Леером. Характерно для Алексеева и отсутствие стремления к обострению ситуации, тем более если это чревато последующими осложнениями. «Не считал удобным, — отмечал он, — на защите даже и возражать Сухотину, хотя мог на все замечания дать объяснения. Но… с ним судьба еще может столкнуть меня при проверке и разборе последней работы. Не стоило подвергать себя напрасным неудовольствиям в будущем, так как я но самому уже тону замечаний видел, что для того, чтобы “разносить”, он готов дойти до абсурдов».
Третья, заключительная работа носила ярко выраженный геостратегический и геополитический характер. В течение двух месяцев предстояло разработать план «наступления на Румынию» и «взятия укрепленного лагеря Галац, где сосредоточена румынская армия». Здесь, что отличало впоследствии Алексеева, ему предстояло не просто «разрисовать» направления ударов, но и «сделать топографическое исследование нашей Бессарабии и Румынии, до Бухареста почти». Затем следовало собрать сведения: «сколько каких хлебов сеется и собирается, можно ли рассчитывать на местные средства для прокормления войск или же нужно подвозить из России; если — да, то как это устроить». «Обложившись» топографическими картами, схемами и статистическими таблицами из академической библиотеки, «без пяти минут» выпускник старательно разрабатывал план операций на театре военных действий, который в перспективе оказался вполне реальным и весьма важным для Русской армии.
В результате работа была оценена на 11,63 балла из высших 12-ти. Алексеев попал в «1-й разряд» выпускников, но до золотой медали «не дотянул». Примечательна оценка этого результата самим Михаилом Васильевичем. В письме своей невесте Анне Николаевне Пиродкой он отмечал, что «медаль ни в настоящем, ни в будущем ничего практического дать не может, кроме минутного удовлетворения честолюбия (а это относится к семи смертным грехам, поэтому и говорить об этом не следует)».