Кроме того, Алексеев весьма нелестно отзывался о сложившейся манере штабной работы, в которой он видел одно из важных условий, необходимых для победы. Вызывали недовольство генерала-генштабиста и частые перемены в командовании, и стремление при смене начальника поменять всю «команду», привести на выгодные места своих приближенных. Это нарушало субординацию и в условиях военных действий приводило к совершенно ненужным конфликтам, создавало помехи в работе штаба, в этой «сложной машине, работающей и подготовляющей все… для управления войсками». Для принятия правильных решений, столь ожидаемых войсками от штабов, нужен тщательный, системный анализ как имеющихся собственных возможностей, так й возможностей противника. А этого-то как раз и не хватало. «…Наши начальники мало образованы в своем специальном военном деле и совершенно не подготовлены к управлению большими силами», — делал Алексеев достаточно категоричный вывод в письме от 25 января 1905 г. Следовало «озаботиться, чтобы армия была сыта, чтобы десяток тысяч раненых был подобран, перевязан, накормлен и отправлен».
Кроме того, штабная работа требовала четкого разделения обязанностей, умения пользоваться имеющейся властью и ответственностью, сильной воли и таланта. Требовалась смелость и дерзость в решениях. Этих качеств недоставало у штаба Куропаткина. Алексеев считал ненужным и даже крайне вредным такое положение, когда штаб армии вынужден был одновременно заниматься и обширной организационной подготовкой, и вмешиваться в непосредственную боевую работу. При этом нарушалась субординация, начальники — штабные и полевые — часто дублировали решения друг друга, возникала недопустимая и чрезвычайно опасная в боевых условиях путаница в приказах и распоряжениях. Это, по мнению Алексеева, становилось одной из причин провала боевых операций.
В письме от 6 февраля 1905 г. Михаил Васильевич писал: «Выпустить из своих рук Главнокомандующий ничего не хочет, душит все стремлением руководить даже дивизиями, не желая сознавать крайнего вреда такого управления…
Полководцу нужны: талант, счастье, решимость. Не говорю про знание, без которого нельзя браться за дело. Оценку таланта делать еще не время. Военного счастья нет, а решимость просто отсутствует, а между тем на войне нужно дерзать и нельзя все рассчитывать. Стремление к последнему ведет за собою то, что мы никак не выберемся из области взятия той или другой деревни, вместо постановки цели ясной, широкой, определенной и направления для этого сил достаточных. Мы уже богаты и при умении и смелости могли бы многое сделать.