Центр изначально ориентировался на сотрудничество именно с Добровольческой армией, московское антибольшевистское подполье систематически поддерживало контакты с белым Югом. Создание Центра отвечало, с одной стороны, стремлению генерала Алексеева к наведению постоянных контактов с авторитетными в недавнем прошлом общественно-политическими деятелями, поддерживающими зарождавшееся Белое дело. С другой стороны, этим «политическим деятелям» была необходима опора на антибольшевистский военный центр.
На имя генерала Алексеева и в Политическую канцелярию Добрармии регулярно отправлялась информация, с ведома Алексеева проводилось зачисление в состав Центра. Московский отдел Центра заявил о необходимости создания верховной власти на принципах единоличной диктатуры и сообщил о желательности «передачи Верховной власти и военного руководства генералу Алексееву как лицу, наиболее авторитетному во всех слоях населения».
Московские «представители Держав Согласия» также подтвердили, что «кандидатура генерала Алексеева является для них наиболее желательной». Предполагалось, что Центр сначала «передаст Алексееву Верховное Командование вооруженными силами, а затем, как это только будет технически возможно, облечет его при торжественной обстановке диктаторскими полномочиями». Но впоследствии, к концу лета 1918 г., в московском подполье утвердилось мнение о «коллегиальном характере» будущей всероссийской власти. Причиной отказа от «незамедлительного введения диктатуры» стала необходимость создания коалиции между различными группами противников власти большевиков. Между представителями Национального центра, Союза возрождения России (считавшегося «левоцентристской» организацией) и Правого центра была достигнута договоренность о создании Директории из трех человек. Предполагалось, что «тройка» директоров должна включать в свой состав «государственно мыслящих людей» из «одного военного», «одного из представителей демократии» и одного из «буржуазии и правых социалистов».
Введение «трехчленной Директории» оправдывалось «москвичами», в частности, ссылкой на политические настроения «демократической Сибири», а также казачьих областей, не признававших диктатуры. Считалось, что «в лице трех диктаторов получится аппарат не многоголовый, гибкий; три лица всегда могут столковаться и будут спаяны общностью интересов». Окончательный вариант «московской троектории» включал в себя генерала Алексеева, Милюкова и бывшего председателя Предпарламента, правого эсера Н.Д. Авксентьева. Кроме того, проект Директории исходил из обязательного объединения Южного и Восточного антибольшевистских фронтов. Единым Главнокомандующим будущих объединенных Российских вооруженных сил должен был стать Алексеев. Ему же предназначалась руководящая роль в Директории.