Потенциала японских вооруженных сил Алексеев отнюдь не переоценивал, полагая, что при продолжающиеся боевых действиях перспективы благоприятного перелома в войне были для русской армии вполне возможны. В письме от 18 апреля 1905 г. он отмечал: «В России говорят о мире. В офицерской среде в здешней армии немало таких, которые жаждут и говорят о том же. Это болезнь, именуемая дряблостью воли и характера, болезнь, нами самими взращенная. Потом жид и купец одолевают. И тому, и другому война мешает. Волнения внутри способствуют развитию деятельности миротворцев. Что за дело для них, что теперешний мир явится началом разложения России. Скорее бы лишь стряхнуть с себя какое-то неприятное бремя. Для достижения цели нужны упорство, настойчивость, вера в свои силы, готовность жертвовать. Кто бы дал взаймы современному россиянину все эти высшие блага гражданина? Победа должна быть наша, если мы сумеем довести дело до конца. Ведь если теперь средств нет, то и через 10 лет их не будет, а при заключении мира теперь повторение войны неизбежно. Ресурсы наши не исчерпаны. Войска наши не разгромлены. Они доведены были до поражения, платили дань всему, а главное — той неопределенности в желаниях и решениях, которыми отличались все действия Куропаткина…
Дай Бог, чтобы новое наше начальство сумело ставить этот вопрос, отвечать на него и затем бесповоротно выполнять. Тогда и войска проявят больше настойчивости и упорства, явится утраченная вера. Ведь дошло до того, что перестали верить тому, когда говорили о необходимости твердо удерживать позиции, зная, что все равно отступим. Не понимаю, почему возвращающиеся в Россию офицеры продолжают уверять, что вера в Куропаткина глубокая, когда здесь ни у кого не было такой веры, именно в среде строевых офицеров всех степеней, от которых преимущественно и черпают эти сведения…»
Еще раньше Алексеев писал: «Мне больно переживать то, что выпало на долю России, я сознаю то, что противник не превосходит нас ни силами, ни качеством массы. Приподнят, у них дух, — правда; ярче выражена, искусственно воспитана идея величия для блага народа ведущейся войны; как азиат — наш противник хитрее. Но победа над ним должна быть нашим уделом, если бы в наше дело было внесено побольше веры, решимости, духа предприимчивости…»
Но и недооценивать противника не следовало. Показательно, что генерал-генштабист обращал внимание на существенные изъяны не только в командовании, в техническом обеспечении войск, в их настроении. Известное выражение о том, что войны, которые вела Пруссия, выиграл немецкий школьный учитель, сумевший воспитать в своих учениках веру в величие единой Германии, Алексеев понимал применительно к России в ином смысле. «Японский солдат развитее, государство заботится об этом, у нас боятся этого. Там школа — проводник патриотического воспитания. У нас школа возмутительно безразлична к вопросам воспитания в духе выработки русского человека. Ведь это целая система государственного строя. Наряду с офицерами, безропотно и геройски слагающими жизнь, у нас немало более чем безразличных. Наша система ведения дела убивает в офицере способность к почину, к самостоятельности».