1907 год стал не только последним годом первой русской революции. В 1907 г. Россия вступала в эпоху реформ, связанных с именем П.А. Столыпина, в период серьезных перемен во всех сферах государственной и общественной жизни. В ГУГШ Алексеев выступал с предложениями реформ военного аппарата. Не случайно он, а также новый начальник Академии Генерального штаба генерал от инфантерии Ф.Ф. Палицын, считались несомненными авторитетами среди участников кружка молодых генштабистов, иронично называвшихся в среде петербургской политической элиты «младотурками» (по аналогии с деятелями революционно-демократических перемен в Османской империи). В эту группу входили вернувшиеся с фронтов Русско-японской войны будущие известные лидеры Белого движения, соратники Алексеева — полковник Л.Г. Корнилов (бывший ученик Алексеева в Академии Генштаба), капитаны С.Л. Марков, И.П. Романовский, А.А. Свечин. Талантливая молодежь проявляла завидную активность: «Писались доклады, читались сообщения, устраивались взаимные собеседования; образовался тесный кружок людей, задавшихся целью привить армии новые тактические идеи, усилить в техническом отношении, создать из нее настоящее боевое оружие». Были установлены контакты с членами 3-й Государственной думы, в частности с А.И. Гучковым, пользуясь поддержкой которого надеялись на успешное прохождение через новообразованный российский «парламент» разрабатываемых Генштабом законопроектов.
Но если Алексеев, по причине «обстановки и положения» и «склада натуры», не мог «высказаться с прямолинейностью и порой даже резкостью» по проблемам военных преобразований, то, например, Корнилов не колебался в отстаивании своего мнения перед вышестоящими начальниками, хотя бы ценой потери престижной должности в столице. С легкого пера известной эмигрантской писательницы Н. Берберовой, этот, вполне легальный, кружок стал позднее одной из основ для создания некоей «Военной ложи», якобы готовившей государственный «переворот» в союзе с думской оппозицией, хотя подобное утверждение не подтверждается какими-либо объективными документальными свидетельствами. «В своем докладе в 1925 г. в Париже Маргулиес (известный масон, член французской ложи “Великий Восток”. — В.Ц.), касаясь этого периода, между прочим упоминает петербургскую “Военную ложу”, в которую краткое время входили А.И. Гучков, генерал Василий Гурко, Половцев и еще человек десять — высоких чинов русских военных… Генералы Алексеев, Рузский, Крымов, Теплов и, может быть, другие были с помощью Гучкова посвящены в масоны… Генерал Михаил Васильевич Алексеев, войдя в Военную ложу с рекомендацией Гучкова и Теплова, привел с собой не только Крымова, но и других военных. В этом свете становится понятно, почему именно генералы Алексеев и Рузский приняли участие вместе с Гучковым (и Шульгиным — не масоном) в процедуре подписания царем акта отречения».