С началом 1914 г., в условиях, когда до начала Второй Отечественной войны оставались считаные месяцы, а от состояния пограничных рубежей Империи зависели успех или неудача первых месяцев кампании, Алексеев снова возвратился к штабной работе. Весной он несколько раз приезжал из Смоленска в Петербург, участвовал в специальных штабных совещаниях. А 19 июля 1914 г. принял должность начальника штаба Юго-Западного фронта, в состав которого вошли армии, развернутые на основе хорошо знакомого ему Киевского военного округа. Через три часа после получения телеграммы о своем новом назначении Алексеев собрал заранее приготовленные им диспозиции, директивы, документы и карты и выехал в окружной штаб. Командовал округом и созданным впоследствии фронтом генерал от артиллерии Н.И. Иванов. С началом войны штаб расположился в г. Ровно. Семья Алексеева осталась в Смоленске, однако Анна Николаевна с младшей дочерью приезжали к отцу в Ставку.
К этому времени за плечами Михаила Васильевича был уже опыт генерал-квартирмейстера штаба армии, начальника оперативного отделения, обер-квартирмейстера Генерального штаба, начальника окружного штаба, не говоря уже о богатом опыте строевого командования. По воспоминаниям Борисова, «все это — работа в оперативном ведении армий, все это — размышление в одном и том же направлении — это теория построения вооруженных масс для боя, теория придания этим построениям тех форм, которые наиболее благоприятствуют той или иной оперативной задаче. Знание этой теории образует первейшее требование от полководца, когда против подчиненных ему вооруженных масс уже выстроились такие же массы неприятеля… И Алексееву приходилось решать неопределенные уравнения со многими неизвестными, когда требовалась замена командира корпуса, командующего армией».
В наступающей войне — Алексеев осознавал это — особую роль предстоит сыграть не только чисто военным, но и общественно-политическим факторам. Они могут оказаться востребованными как никогда ранее. В июле 1914 г., выезжая из штаба округа в Киеве в штаб фронта в г. Ровно, Алексеев встречался с членом Государственной думы, редактором широко известной газеты «Киевлянин» В.В. Шульгиным. По воспоминаниям последнего, Алексеев настойчиво пытался внушить ему всю сложность положения, в котором может оказаться Россия при затяжной войне. «Он говорил скрипучим, сурово-назидательным голосом, в котором одновременно чувствовались солдат и профессор…
— Думают, что эта война может скоро кончится… Думают, — три-четыре месяца… Думают — “шапками закидаем”… Ошибаются. Противник тяжелый, твердый, настойчивый… Эта война потребует от России всех ее сил… Всех… Мы, военные, исполним свой долг. Но этого мало… Вся Россия должна воевать — вся. До всех дойдет очередь. Жертвы будут большие. Потери неисчислимые. И вот я хочу вам сказать… Помогите нам! Без вас мы до конца не доведем. Дух поддержите! Вы — писатели, политики, публицисты… Штыки свою работу будут делать… Но штыками душа человеческая управляет. Так вот, душу России додержите до конца!… Потому что, повторяю вам, война будет на выдержку, на измор, до полного истощения… Да…