В 1934 году Павла Флоренского переводят в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). Здесь предстоит ученому провести остаток своей жизни. На Соловках Флоренский совершает более десятка научных открытий, в том числе работает над проблемой получения из морских водорослей агар-агара и йода.
1937 год. Соловецкий лагерь был реорганизован в тюрьму (СТОН — Соловецкая тюрьма особого назначения). «Особая тройка» Управления НКВД по Ленинградской области (протоколами от 09.10.1937, 10.10.1937, 14.10.1937, 10.11.1937, 25.11.1937,14.02.1938) приговорила к расстрелу 1825 заключенных Соловецкой тюрьмы особого назначения. Основанием для вынесения приговора служила справка начальника Соловецкой тюрьмы Апетера (а после его расстрела — сменившего его Раевского) с характеристикой, в которой кратко излагалась суть обвинения, приведшего этого человека на Соловки, и дополнительно (хотя и не всегда) имелось резюме агентурных сведений, собранных во время пребывания его в заключении. Текст был краток и занимал от половины до целой машинописной страницы. Никакого специального следствия не проводилось, приговор был заочный, поэтому осужденные даже не могли предполагать о грядущем изменении в своей судьбе.
Во исполнение этого решения 1111 заключенных были вывезены в город Медвежьегорск и расстреляны в его окрестностях (27.10.1937; 01–04.11.1937), 509 человек были отправлены в Ленинград и расстреляны там (08.12.1937), а последние 198, которых не успели вывезти до окончания навигации, расстреляли прямо на Соловках (17.02.1938)» (Иофе В. В. Большой террор и имперская политика СССР: По следам большого соловецкого расстрела 1937 года. Посев (Москва). 1997. № 5).
Необходимо было сократить количество заключенных, поэтому заочно более тысячи человек были осуждены повторно. Среди них — Павел Александрович Флоренский — осужден «без права переписки». В те времена это означало смертную казнь. Скрытая формулировка позволяла родственникам годами надеяться на возвращение близких людей, хотя на деле тех уже не было в живых.
Тогда же, в 1937 году, осенью, по приговору «Особой тройки» УНКВД по Ленинградской области более 1000 заключённых Соловецкого лагеря погрузили на баржи и вывезли за пределы лагеря. А дальше след «соловецкого этапа» исчез. О «потерянном» этапе ходила масса слухов и легенд. Многие были уверены, что людей при перевозке на материк просто утопили в Белом море. И только в 1990-х годах было установлено, что бесследно исчезнувший в 1937 году «соловецкий этап» нашел свое последнее пристанище в районе Медвежьей горы, в урочище Сандармох (реже Сандормох). Именно там обнаружены места массовых казней заключенных в 1937–1938 годах. «…Печально шепчутся карельские сосны над безымянными могилами, ставшими последним приютом девяти тысяч сынов и дочерей Отчизны… На карельской земле проявилось кровавым пятном еще одно место коммунистического террора» (Дмитриев Ю. А. Место расстрела Сандармох. М., 1999). Еще одно… Сколько таких кровавых пятен на нашей земле? Страшным образом связаны между собой Соловки и Бутовский полигон в Московской области, еще одно место массовых казней и захоронений в период сталинских репрессий в 1937–1938 годах. Эта связь проходит через судьбы людей, тех, кому после заключения в Соловках посчастливилось вернуться домой. Многие из них вновь были приговорены. Теперь уже к высшей мере наказания — расстрелу. По документам в период с 1937 по 1938 год на Бутовском полигоне было расстреляно более 20 000 человек. Бутовская Голгофа.