Безусловной заслугой Сковороды является то, что в период безраздельного господства религиозного мышления и духовной диктатуры церкви он мужественно и решительно подверг критике религиозную догматику, церковь и духовенство, стремился освободить человеческий разум от сковывающих его цепей религиозных суеверий, от тлетворного влияния «библейских сказок». До атеизма же Сковорода не дошел потому, что духовное раскрепощение человека видел в создании новой религии — религии «правды», «любви», «сердца» и «добродетели».
Критерием отношения к устаревшей религии и Библии у Сковороды был человек, и только человек. Но с другой стороны, критерий отношения к «новому человеку», «истинному человеку» он хотел видеть в «обновленной» религии и Библии. Таким образом, для него вопрос упирался не столько в познание Библии, сколько в «самопознание», ибо только через самопознание человек может прийти к «истине», «добродетели» и «правде», но эта «правда» была у него абстрактна, надысторична, надклассова и к тому же облечена в теологическую форму.
Когда Сковорода критиковал религию, Библию, церковь и духовенство, он был реалистичен, прогрессивен и намного опережал свою эпоху и свое время. В этом сказалась сила его рассудка, отразившая мудрость широких крестьянских масс, протестовавших против всех форм экономической, политической и духовной феодально-крепостнической кабалы. Но когда мыслитель искал спасения человека в новой религии «любви» и «сердца», он отдавал дань консервативным предрассудкам своего времени.
Попытки Сковороды сохранить и подновить религию и Библию были искусственны, слабы и неубедительны. На фоне этих попыток ярче выступала его гневная, беспощадная и воинствующая критика религии.
Противоречивость критики религии и Библии у Сковороды отражала противоречия прогрессивного, демократического протеста закрепощенных крестьянских масс против всех форм феодального гнета. Революционная часть крестьянства выступала против всякого порабощения людей, в том числе и духовного, но под влиянием условий жизни и предрассудков, наслаивавшихся на протяжении многих сотен лет, она еще не понимала, в чем действительные средства освобождения от пут духовного рабства. Это противоречивое отношение к религии было идеологической формой выражения общих противоречий крестьянского протеста против крепостничества, ибо, как мы уже говорили, вся жизнь крестьянина научила его ненавидеть помещика, чиновника и попа, но еще не научила и не могла научить, как освободиться навсегда от всяческого феодального рабства. Это противоречивое отношение к религии и Библии крестьянских масс и отразил Сковорода в своей теории «третьего мира» — «мира символов» и в теории «двух натур».