Доказательства колдовства и содомии оказались настолько очевидны, что был назначен церковный трибунал под руководством епископа Нантского, поскольку эти преступления находились в юрисдикции церкви. Суд был недолгим. Обнародовались результаты предварительного расследования, хранившиеся в тайне. Итак, преступления против Бога и человека: убийства, изнасилования и содомия. Но страшнее всего «святотатство, отсутствие благочестия, составление дьявольских заклинаний и другая упорная деятельность в вызывании дьявола, магии, алхимии и колдовстве».
Наконец, когда епископ посоветовал ему готовиться к смерти, Жиль начал защищаться: высший военный чин французской короны и первый дворянин, он мог предстать только перед судом равных и с разрешения короля и герцога Бретонского.
Жан де Шатогирон ответил ему так: «Суд церкви – высший суд и осуждает преступления, а не лицо, совершившее их. Кроме того, король и герцог согласны с тем, что приговор должен быть вынесен».
Приговор был таков: «Повесить и сжечь; перед тем как тело будет расчленено и сожжено, оно должно быть изъято и помещено в гроб в церкви Нанта, выбранной самим осужденным. Анри и Пуату должны быть сожжены отдельно, и их прах развеян над Луарой».
На следующий день площадь была забита народом. Жиль появился весь в черном, под бархатным капюшоном и в черном шелковом камзоле, отделанном мехом того же цвета. Спокойно и твердо он повторил, что говорил только правду.
26 октября в 9 часов утра процессия священников, несущих святое причастие, сопровождаемая толпой, молящейся за трех преступников, останавливалась у всех церквей в Нанте. В 12 часов Жиль де Рэ, Пуату и Анри были отведены на луг на окраине города. Были сооружены три виселицы, одна выше, чем остальные. Внизу лежал хворост и сухие ветви.
Медленно читая «De Profundis», осужденные прибыли на место казни. Жиль поцеловал Пуату и Анри, сказав: «Нет такого греха, которого бы Господь не мог простить, если человек, просящий об этом, действительно раскаивается. Смерть – это всего лишь немного боли». Затем он откинул капюшон, поцеловал распятие и начал произносить слова последней молитвы. Палач набросил петлю, Жиль поднялся с его помощью на помост, и палач коснулся горящим факелом хвороста. Помост просел, и Жиль де Рэ повис; языки пламени лизали его тело, качающееся на крепкой веревке. После протяжного звона кафедральных колоколов толпа, наблюдающая сцену искупления, затянула «Dies irae».
Тела слуг были сожжены, их прах развеян по ветру. Труп маршала, однако, был похоронен, как полагается, на территории кармелитской церкви недалеко от места свершения возмездия. Так закончилась жизнь одного из самых экстраординарных преступников в истории колдовства.