Когда ЕСПЧ начал требовать принятия оперативных мер в отношении Алексаняна, следствие вынуждено было озаботиться его судьбой и действительно предприняло некоторые меры для освобождения тяжелобольного человека. По нашим данным, следователь, в чьем производстве находилось уголовное дело, сам выступил с инициативой изменения меры пресечения и получил в этом поддержку своего начальства. Он столкнулся с тем, что Алексанян, зрение которого с детства было неважным, а в условиях СИЗО существенно ухудшилось, самостоятельно не мог читать материалы уголовного дела и этим пришлось заниматься самому следователю, оглашая их вслух. Обратимся вновь к воспоминаниям адвоката Геворга Дангяна: «…Тем временем следствие было завершено. Василий чувствовал себя с каждым днем все хуже, но он должен был ежедневно знакомиться с материалами дела. Сам он читать не мог, ему читали вслух, но даже так он уже плохо воспринимал. Каждый день врач измерял Алексаняну температуру, фиксировал – “38” – и давал справку, что он не может участвовать в следственных действиях. Но, несмотря на высокую температуру, боль и эти ежедневные справки, Алексаняна поднимали и вели из инфекционного отделения больницы ИЗ-77/1 к следователю».
31 октября 2007 года руководитель главного следственного управления следственного комитета Довгий, принимая во внимание состояние здоровья Василия Алексаняна, дал свое письменное согласие на изменение в отношении его меры пресечения на более мягкую, не связанную с лишением свободы. Но чтобы перестраховаться и не брать на себя всей полноты ответственности, следователь обратился в Басманный суд с ходатайством о замене ареста на залог. Однако 2 ноября 2007 года судья отказался принять такое решение, указав, что в соответствии с уголовно-процессуальным кодексом вопрос об освобождении подозреваемого под залог – это компетенция следователя, в производстве которого находится дело.
К тому времени ситуация сильно поменялась. По некоторым данным, генеральный прокурор, у кого из ведения незадолго до описываемых событий было изъято предварительное следствие, узнав о намерениях сотрудников вновь созданного следственного комитета, с которым у органов прокуратуры сразу не сложились отношения, нашел куда пойти пожаловаться и сообщить, что следователи якобы намерены развалить с таким трудом расследованное дело одного из активных членов юкосовской орг-группы – Василия Алексаняна. Реакцию на такой демарш нетрудно было предсказать. У следователя напрочь пропало желание заниматься освобождением подследственного, и поэтому 15 ноября 2007 года суд в очередной раз продлил срок предварительного заключения Алексаняна.