Тут прелаты испугались, что зашли слишком далеко. Хотя сам Томас Бекет был невозмутим, как Вестминстерский дворец, его струхнувшая братия настояла, чтобы он отправился к королю в Вудсток и пообещал соблюдать древние установления без всяких оговорок. Король благосклонно принял смирившегося ослушника и предложил собрать в Кларендонском замке, в Солсбери, большой духовный синклит. Но на этом синклите архиепископ вновь произнес слова: «Только не в ущерб моему ордену», и твердо стоял на своем, как ни умоляли его лорды, как ни плакали, пав перед ним ниц, священники, как ни хмурились толпившиеся в дверях королевские стражники. Правда, в тот раз он все-таки уступил. Древние установления (включая то, соблюдения которого тщетно добивался король) были занесены в книгу, подписаны главою духовенства, скреплены его печатью и названы Кларендонским уложением.
Несмотря на это, раздор продолжался. Архиепископ искал встречи с королем. Король не желал с ним встречаться. Архиепископ попытался бежать из Англии, но матросы не спустили на воду ни одной шлюпки, чтобы переправить его на корабль. Тогда он решил возобновить войну с королем и открыто пошел против древних установлений.
Генрих вызвал его на большой совет в Нортгемптоне, где предъявил ему обвинение в государственной измене и предложил взыскать с него, в возмещение несуществующих убытков, огромную сумму денег. Томас Бекет оказался один против всего собрания, даже епископы советовали ему сложить с себя сан и покориться королю. Великое потрясение на два дня приковало его к постели, но не сломило его духа. Он явился на отложенное судилище с огромным распятием в правой руке и сел, держа его прямо перед собой. Король в раздражении удалился во внутренние покои. Совет в раздражении удалился следом за королем, оставив Томаса Бекета в одиночестве. Он не тронулся с места. Вскоре к нему толпой вышли прелаты и объявили его изменником. Он не шелохнулся, а только промолвил: «Я понял!» Прелаты опять удалились во внутренние покои, и суд продолжался в отсутствии подсудимого. Еще немного спустя в залу чинно вступили лорды, предводительствуемые графом Лестером, которому доверено было огласить приговор. Томас Бекет отказался его слушать, заявив, что не признает полномочий этого собрания и намерен передать дело на рассмотрение папы. Когда он с распятием в руке направился к выходу, королевские прихвостни принялись хватать с пола и метать в него пуки тростника — в те времена тростник стелили заместо ковров. Архиепископ гордо повернул голову и сказал: «Если бы не мой сан, я порубил бы этих трусов мечом, коим неплохо владел в былые годы». Потом он сел на коня и уехал, прославляемый простым людом. В тот вечер его дом был открыт для бедноты, с которой он разделил свой ужин. Тем же вечером Томас Бекет тайком покинул город и под именем брата Любима, путешествуя по ночам и скрываясь днем, не без труда добрался до Фландрии.