Святитель был уволен в отставку, как простой слуга, без малейшего расследования обстоятельств, вопреки церковным правилам и канонам, вопреки святым Отцам и традициям. Одним росчерком патриаршего пера епископ Пентапольский лишился своей кафедры и был изгнан.
“Владыка Нектарий, — говорилось в патриаршем указе от 3 мая 1890 г., — освобождается от должности руководителя патриаршего бюро и церковного управления. Ему, однако, разрешается, по его желанию, продолжать жить в своей квартире (какое снисхождение!) для занятий и писаний, а также участвовать в трапезах за общим священническим столом. Ему также разрешается совершать требы. Ему категорически запрещается под любым предлогом ездить в города, находящиеся в патриаршем ведении, равно как в древний Каир, без специального разрешения”.
Другой указ, датированный 11 июля того же года, повелевал митрополиту Пентапольскому покинуть египетскую землю.
Святитель Нектарий уехал из Египта, не пытаясь оправдываться или защищаться, а лишь повторяя за Иовом: Господь дал, Господь и взял (Иов. 1, 21) — и за Апостолом: мы уверены, что имеем добрую совесть... (Евр. 13, 18). Нектарий обладал такой чистой совестью, и потому ему нечего было страшиться. Ибо говорил он сам в одной из своих проповедей, произнесенной в храме Пирея: “Добрая совесть — это самое великое из всех благ. Она — цена душевного мира и сердечного покоя. Мирный покой совести — это покой духа. Она дает радость сердцу, она придает мужество перед лицом Бога, она делает наши молитвы услышанными, она отверзает нам двери небесные, она передает нам божественную благодать, она расточает нам дары Духа Святого. Она распределяет харизмы, она исполняет во благих желание, она ведает нас к счастью и блаженству. Она соединяет души в Царстве небесном...”
Но вопросы о совести, конечно же, мало интересовали или беспокоили гонителей святителя Нектария, и ему пришлось покинуть Египет. Путь к патриаршему трону оказался открытым для иных претендентов. Удовлетворенные отъездом чуждого им человека, честолюбцы принялись выяснять отно-шения между собой.
Однако прежде отъезда Господь даровал Святителю испытывать великую отраду. Вот письмо, подписанное более чем 900-ми верующих, которое было передано Святителю перед отбытием из Египта:
“Преосвященнейший Владыко, Ваше решение покинуть Египет глубоко взволновало и опечалило нас. Мы рассматриваем Ваш отъезд как невосполнимую потерю. Этим фактом Александрийская Церковь лишается одного из самых замечательных иерархов, а местная община — своего епископа, усилия которого в неутомимом служении добру высоко ею ценились. Ваше четырехлетнее присутствие в Каире служило для всех ощутимым доказательством Вашей преданности священному делу, к которому Вы были призваны, Вашей самоотверженности и усердия. Не однажды нам приходилось убеждаться в цельности Вашей личности, во множестве Ваших уникальных пастырских добродетелей, благодаря которым Вы сумели многим внушить любовь и уважение. Помощь, которую Вы с готовностью оказывали всем кто бы ни обращался к Вам за нею, украшенный Вами знаменитый патриарший собор и отреставрированные патриаршие покои являются убедительными свидетельствами Ваших добродетелей и способностей.