Ваши писания, вызванные к жизни заботой о созидании христианских душ, свидетельствуют о благородных намерениях Вашего доброго и великого сердца, о истинной любви христианской. Мы еще и еще раз повторяем Вам, нас очень печалит Ваш отъезд. Он привносит в наши сердца ощущение некоей пустоты, и мы считаем для себя великим моральным ущербом разлуку с самым лучшим и активным служителем Церкви и с самым любимым епископом. Пути Господни неисповедимы! Мы посылаем Вам самые добрые и теплые пожелания наших сердец, взращенных Вашими исключительными христианскими добродетелями.
Убедительно просим Ваше Преосвященство никогда не забывать в Ваших святых молитвах нас, искренне любящих Вас друзей...”
Святитель уехал в Афины. Но и там перед ним повсюду закрывались двери, повсюду за ним следовала тенью враждебная настроенность Александрии. Никто не брал на себя смелость защищать опального митрополита. И Святителю оставалось лишь с теплым упованием на Бога повторять в своем сердце слова Пастыреначальника и Подвигоположника Христа: Блаженны вы, когда будут поносить вас и гнать... (Мф. 5, 11).
Министр по делам религии, до которого он неоднократно пытался “достучаться”, в конце концов стал недоумевать. Он затребовал через сотрудника греческого консульства в Каире дополнительную информацию по “делу” митрополита Пентапольского и получил в ответ следующее письмо (датированное 28 января 1894 года):
“Господин Министр!
По поручению Министра иностранных дел имею честь направить Вам некоторую информацию, касающуюся Его Преосвященства Владыки Нектария, бывшего епископа Пентапольского, и причин, вынудивших его уехать из Египта. Г-н Иоанн К. был знаком с этим епископом еще в бытность его простым монахом в одном из монастырей Хиоса. Он взял его под свое покровительство и представил Его Блаженству Патриарху Александрийскому. Благодаря пожертвованиям некоторых людей он был направлен в Афины для изучения богословия, где прошел обычный курс обучения и получил диплом нашего национального Университета. Затем он вернулся сюда и Патриарх возвел его в сан архимандрита, назначив проповедником и секретарем Патриархии. Исполняя свои обязанности, он проявил себя усердным и верным тружеником и вел по-настоящему аскетический образ жизни. Впоследствии он был командирован Патриархом к его каирскому представителю, епископу Ливийскому, который также вследствие некоторых разногласий с Патриархом удалился в Смирну. Тогда Нектарий получил титул Патриаршего легата, который он сохранил за собой и после его хиротонии во епископа Пентапольского.