Подозрение о причине пожара было мрачным: якобы Нерон, уже не в силах сдерживать подступавшее безумие и убежденный, что Рим следует отстроить заново, захотел начать все с чистого листа и велел поджечь город. Светоний рассказывает, что император, едва прибыв со своей виллы в Акции, а это три-четыре часа пути верхом, бросился на башню Мецената и даже не пытался скрыть своей радости. «В восторге от прекрасного зрелища пожара, в лучшем своем театральном костюме», Нерон принялся декламировать стихи о падении Трои. Сегодня исследователи не верят в то, что Рим был подожжен намеренно: ущерб, нанесенный пожаром, превратил императора в одну из главных жертв катастрофы, уничтожив коллекцию произведений искусства, страсть всей жизни Нерона, сгоревшую вместе с его дворцом.
Рим горел шесть дней и семь ночей. Едва потухли последние угли, как народ стал открыто обвинять Нерона, ибо, как пишет Тацит, ни средствами человеческими, ни щедротами принцепса, ни обращением за содействием к божествам невозможно было пресечь бесчестящую его молву, что пожар был устроен по его приказанию. Люди требовали отмщения. Император решил опередить их и приказал Тигеллину, префекту преторианцев, найти виновных. Ответ последовал незамедлительно: Рим подожгли христиане. Этот эпизод известен нам не столько по свидетельствам античных авторов, сколько по произведению Сенкевича «Камо грядеши», известнейшему роману, неоднократно экранизированному. Тацит пишет о массовых арестах христиан и о безжалостном решении выставить напоказ их страдания. Он рассказывает, как несчастных, зашитых в шкуры животных, бросали на растерзание голодным псам, а Нерон со своей беговой колесницы требовал, чтобы народ приветствовал его. Людей распинали на крестах в садах Ватикана и, доходя до немыслимой жестокости, покрывали искупительные жертвы горючими маслами и поджигали, превращая в живые светильники.
Если допустить, что Павлу удалось спастись от пожара, поскольку он вынужденно пребывал за пределами столицы, и что казнен он был позднее, вряд ли можно считать его смерть следствием этих гонений на христиан. Все указывает на то, что апостол был обвинен как «сеявший смуту» — тогда такое определение использовали часто. Если состоялся обычный суд, а этого мы не знаем, приговор мог быть вынесен на основании так называемого императорского закона об оскорблении чести величества, который Нерон возобновил в 62 году.
Заслуживающая уважения традиция связывает мученичество Павла с мученичеством Петра. Якобы они были казнены в одно и то же время или с промежутком в несколько дней: Павел обезглавлен, а Петр распят и по его просьбе — из смирения — распят вниз головой.