Какими были боги, которым молились в этих храмах? Во-первых, их было много. Об этом можно судить по такому факту В 1914 году Даймель опубликовал в Риме на латинском языке книгу «Вавилонский пантеон», в которой были перечислены имена 3300 богов и божеств Месопотамии. Мы не будем рассказывать о всех, упомянем лишь главных из них.
О богах, которым молились обитатели Месопотамии до IV тысячелетия до н. э., ученые не знают почти ничего. Известно, что они просили своих божеств о хорошем урожае, о здоровье, о мире и благополучии.
В каждом месте (деревне, районе) были свои местные боги. Их знали только здесь, и поклонялись им только здесь. Были и более известные. Например, Забаба и Шара, которые были покровителями городов Умина и Киш. Их почитали за великих богов именно в этих городах. Были и боги, которых почитали во всех городах и селениях Месопотамии. Таким был бог Луны Наина — покровитель города Ура. Бог Солнца Уту был сыном бога Луны. Он покровительствовал городам Сиппара и Ларсы. Богиня Инанна олицетворяла плотскую любовь. Кроме того, она приносила военные победы, была связана с планетой Венерой. Это богиня Иштар у аккадов. Она была покровительницей города Урук. Покровителем города Кутур был бог Нергала, бог чумы. Одновременно он был богом царства мертвых.
Самыми могущественными и старейшими богами были бог неба ан (у аккадов Ану), бог ветра и всего пространства от неба до земли Энлиль, бог океана и пресных подземных вод Энки (у аккадов Эа). В Шумере очень высоко почитали богиню-мать Нинхурсаг. Она была могущественной на заре истории Шумера. Позднее на рубеже IV–III тысячелетий до н. э. стал очень почитаемым бог Думузи, который был супругом богини Инанны (Иштар). Люди всегда старались лепить своих богов по своему образу и подобию. Только значительно позднее они поняли, что бога нельзя увидеть, что он вездесущий и не имеет определенной формы и очертаний. А в то время жители Месопотамии не только женили богов (боги выступали в виде супругов), но и выбирали для богов самую лучшую наложницу, которая на ночь должна была одна оставаться в храме на золотом ложе в ожидании бога. Людям было приятно видеть в богах себя, действиями и образом жизни богов освящать свой образ жизни. Поэтому, когда менялся их образ жизни, они меняли в полном соответствии и образ жизни своих богов. С возникновением крупных городов появился и весьма сложный аппарат чиновников. Люди тут же стали упорядочивать деятельность богов. Они выстроили для них в точности такую же иерархию, которая была у них. Поэтому у богов появился свой царь, а также свой великий визирь. Более того, у них появился писец-секретарь, а также носитель трона, который должен был носить за царем богов его трон. По воле людей у месопотамских богов в это время появились и другие службы. Например, появились боги-привратники. Богов природных стихий стали считать «большими небесными начальниками». Раньше они выступали как податели благ.