XVI, XVII и XVIII вв. были темными веками православного богословия. Ни на Ближнем Востоке, ни на Балканах, ни в России не было благоприятных условий для самобытного богословского творчества. Поскольку не было доступно никакое нормальное богословское образование, кроме как в западных римо–католических или протестантских школах, православная традиция передавалась в первую очередь через богослужение, которое сохраняло все свое богатство и часто служило полноценной заменой формальному обучению. Большинство же вероучительных заявлений этого периода, как принятых соборами, так и принадлежащих отдельным богословам, были полемическими документами, направленными против западных миссионеров.
После реформ Петра Великого († 1725) духовная школа была создана в России. Первоначально сформированная по западному латинскому образцу и укомплектованная обученными у иезуитов украинскими преподавателями, в XIX в. эта система развилась в полностью самостоятельный и мощный инструмент богословского образования. Расцвет русского богословия XIX и XX вв. дал множество выдающихся ученых, особенно в области церковной истории (например, митр. Филарет (Дроздов), † 1867; В. О. Ключевский, † 1911; В. В. Болотов, † 1900; Е. Е. Голубинский, † 1912; Н. Н. Глубоковский, † 1937). Независимо от официальных богословских школ целый ряд светски образованных богословов–мирян положил начало собственным богословским и философским учениям, которые оказали огромное влияние на современное православное богословие (например, А. С. Хомяков, † 1860; В. С. Соловьев, † 1900; Н. А. Бердяев, † 1948), некоторые из них приняли священный сан (П. Флоренский, † 1943[31], С. Булгаков, † 1944). Многие представители этой российской богословской интеллигенции (например, С. Булгаков, Г. Флоровский) после русской революции (1917) эмигрировали в Западную Европу и играли ведущую роль в экуменическом движении.
После обретения Балканами независимости богословские школы были также созданы в Греции, Сербии, Болгарии и Румынии. Современные греческие ученые способствовали публикации важных византийских церковных текстов и подготовили нормативные богословские учебники.
Православная диаспора — эмиграция из Восточной Европы и с Ближнего Востока — в XX в. способствовала развитию современного богословия через создание богословских центров в Западной Европе и Америке.
Православные богословы негативно отреагировали на новые догматы, провозглашенные папой Пием IX: о Непорочном зачатии Марии (1854) и о Папской непогрешимости (1870). Что же касается догмата о Вознесении Марии, провозглашенного папой Пием XII (1950), то здесь возражения в основном касались утверждения этого церковного предания в качестве догмата.