Обычно, хотя и не всегда, юрисдикция каждой автокефальной церкви совпадает с территориальными границами национального государства — исключение составляют несколько церквей на Ближнем Востоке (например, юрисдикция Константинополя над греческими островами, юрисдикция Антиохии над несколькими арабскими государствами и т. д.) — и распространяется также на национальные епархии православной диаспоры (например, в Западной Европе, Австралии, Америке), которые часто остаются под властью материнских церквей. Эта ситуация приводит к неканоническому пересечению православных юрисдикций, каждая из которых зиждется на этническом происхождении. Несколько факторов, уходящих корнями в Средние века, способствуют современному церковному национализму в Православной Церкви. К числу этих факторов относится использование национальных языков в богослужении и вытекающее из этого отождествление религии с национальной культурой; это отождествление иногда способствует выживанию церкви во враждебных вере политических условиях, но оно также препятствует миссии и чувству специфически христианской идентичности верующих.
Акцент на общении и братстве как основополагающих началах церковной жизни препятствует развитию клерикализма. Раннехристианская практика участия мирян в выборе епископа никогда до конца не исчезала на Востоке. В Новое время она была восстановлена в некоторых церквах. Московский собор 1917–1918 гг. вернулся к ней в России, хотя революционные события не позволили ввести ее в действие полностью. Епископы избираются совместно клиром и мирянами в Америке и в других местах православного мира.
Носители низших степеней священства — т. е. священники и диаконы, — как правило, женатые люди. Современное каноническое право допускает рукоположение женатых мужчин в дьяконы и священники при условии, что они вступали в брак один раз и их жены не из вдов или разведенных. Эти условия отражают общий принцип строгой моногамии, которую Православная Церковь рассматривает как норму христианской жизни и которой кандидаты в священники должны полностью соответствовать. Дьяконы и священники не могут вступать в брак после рукоположения.
Епископы, однако, избираются из безбрачных членов клира либо из вдовых священников. Правило, требующее безбрачия епископата, был принято в то время (VI в.), когда монахи составляли собой элиту клира. Современное оскудение численности монашества в Православной Церкви породило серьезные проблемы в некоторых поместных церквах, где кандидата в епископы стало трудно найти.