В Греции. В 1821 г. Герман, митрополит Старых Патр в Греции, открыто провозгласил начало восстания против турок. Патриархат, будучи официальным органом управления христианами под турецким владычеством, издал указы, осуждавшие и даже анафематствовавшие восставших. Но эти указы никого не могли обмануть и менее всех — турецкое правительство, которое в самый день Пасхи 1821 г. в назидание всем повесило Вселенского (Константинопольского) патриарха Григория V на главных воротах патриаршей резиденции. Было казнено множество греческих клириков в провинциях. После этой трагедии официальная лояльность патриархата, естественно, удвоилась. Ввиду невозможности как иметь сношения с патриархатом, так и признать его отлучения, епископы освобожденной Греции собрались в г. Навплие и объявили себя синодом автокефальной церкви (1833). Принятая в Греции система церковного управления была организована по российскому образцу: коллективный правящий орган, Священный Синод, должен был управлять церковью под жестким контролем государства. В 1850 г. патриархат был вынужден признать свершившийся к тому времени факт, издав хартию об автокефалии (томос) новой Церкви Греции.
В Сербии. Обретение Сербией независимости привело в 1832 г. к официальному признанию сербской церковной автономии. В 1879 г. Сербская Церковь была признана Константинополем как автокефальная под предстоятельством митрополита Белградского. Эта церковь, однако, охватывала только территории т. н. Старой Сербии. Небольшое государство Черногория, всегда сохранявшее независимость от турок, имело собственного митрополита в Цетинье. Этот архиерей, который был еще и государственным, и военным лидером нации, был поставляем либо в Австрии, либо, как в случае со знаменитым епископом–поэтом Петром II Негошем, в Санкт–Петербурге (1833).
В Австро–Венгерской империи на протяжении второй половины XIX в. существовали одновременно две автокефальные церкви, в чьей юрисдикции находились румыны, сербы и остальные славяне. Это был патриархат в Сремских Карловцах, основанный в 1848 г. и управлявший всеми православными в Королевстве Венгрии, и митрополия в Черновичах (ныне Черновцы) в Буковине, которая после 1873 г. также управляла двумя сербскими епархиями (Зарской и Которской) в Далмации. Сербские епархии в аннексированных Австрией в 1878 г. Боснии и Герцеговине оставались автономными, но никогда не были полностью независимы от Константинополя.
В Румынии. Образование независимой Румынии после столетий иноземного контроля со стороны болгар, турок, греков-фанариотов и, в более позднее время, русских привело в 1865 г. к самопровозглашению автокефальной Румынской церкви, даже вопреки жесткому противодействию Фанара. Как и в Греции, новая церковь находилась под строгим контролем прозападного правительства князя Александру Кузы. В конце концов, как и в случае Греции, Константинополь признал румынскую автокефалию под предстоятельством митрополита Бухарестского (1885). Румыны Трансильвании, все еще входившей в состав Австро–Венгрии, оставались под властью автокефального митрополита Сибиуского, а остальные — в церкви Черновичей.