В Болгарии. Восстановление Болгарской церкви также было неизбежным, но произошло не без трагедии и даже раскола. Так получилось главным образом потому, что вопрос о восстановлении автокефальной церкви был поднят в то время, когда болгары и греки жили бок о бок в Македонии, Фракии и в самом Константинополе все еще в рамках Османской империи. После турецкого завоевания, и в особенности в XVII и XVIII столетиях, болгарами управляли греческие архиереи, часто препятствовавшие совершению богослужения на славянском языке. В XIX в. болгары, восстав против этой политики насильственной эллинизации, стали претендовать не только на поставление местного духовенства из своей среды, но и на равное представительство в высших эшелонах власти христианского миллета, т. е. в службах патриархата. Эти требования натолкнулись на жесткое сопротивление греков. В качестве альтернативы фирманом (декретом) султана в 1870 г. была создана национальная Болгарская церковь. Новая церковь должна была управляться собственным болгарским экзархом, который имел резиденцию в Константинополе и управлял всеми болгарами, которые его признавали. Новая ситуация была неканоничной, так как допускала присутствие двух самостоятельных церковных структур на одной территории. Вселенский патриарх Анфим VI созвал по этому вопросу собор в Константинополе, на котором также присутствовали греческие патриархи Александрии и Иерусалима (1872). Собор осудил филетизм — национальный или этнический принцип церковной организации — и отлучил болгар, которые, без сомнения, не были единственными виновными в филетизме. Раскол длился вплоть до 1945 г., когда примирение сопровождалось полнм признанием болгарской церковной автокефалии внутри границ Болгарского государства.
После освобождения от турецкого ига балканские церкви свободно развивали как собственную национальную идентичность, так и свою религиозную жизнь. Богословские факультеты, созданные, как правило, по немецкому образцу, появились в Афинах, Белграде (в Югославии), Софии (в Болгарии) и Бухаресте (в Румынии). Румынская церковь ввела у себя полный круг богослужений на румынском языке. Но эти положительные тенденции часто омрачались националистическим соперничеством. Осуждая филетизм, Константинопольский собор (1872) фактически обозначил главную проблему современного православия.
Церковь в имперской России. «Духовный регламент» Петра Великого оставался в силе вплоть до самого конца существования Российской империи (1917). Подчинение церкви государству порождало устойчивое недовольство в русской церковной среде, однако что–либо сделать было невозможно, оставалось лишь строить планы будущих церковных реформ. Эта возможность не была упущена, и в начале XX в. назревшие преобразования стали стремительно совершаться. Если сам Петр и его первые преемники предпочитали вести церковные дела лично и без посредников, то цари XIX в. передали большую часть власти обер–прокурорам, которые вошли в правительство на правах министров и фактически встали во главе церковного управления. Одним из главных недостатков государственного устройства было жесткое и законодательно закрепленное сословное разделение российского общества. Духовенство было одним из таких сословий со своей собственной системой образования, и выходцам из этого сословия почти невозможно было избрать иную карьеру.