В тот же день, 16 октября в Овальном кабинете Белого дома в Вашингтоне собралось заседание кризисного штаба в составе вице-президента Л. Джонсона, госсекретаря Д. Раска, министров обороны Р. Макнамары и министра юстиции Р. Кеннеди, директора ЦРУ Д. Маккоуна.
«Все были в шоке, — вспоминал об этом заседании его участник министр юстиции Роберт Кеннеди. — Такого поворота событий никто не ждал. Да, Хрущев обманул нас, но мы и сами себя обманули…».
Это был крупнейший провал американской разведки — не только ЦРУ, но и Разведывательного управления министерства обороны (РУМО), Агентства национальной безопасности (АНБ), разведок видов вооруженных сил — ВВС и ВМС, призванных выявлять существующие и возникающие угрозы безопасности США.
В обращении к нации 22 октября Джон Кеннеди заявил об установлении морской блокады с целью «остановить процесс размещения советских ракет на Кубе».
Драматизма складывавшейся ситуации придал тот факт, что в начале октября на Кубу были направлены 4 дизельные подводные лодки (класса «Фагот» по классификации флотов стран НАТО) из состава Северного флота СССР.
Введение режима морской блокады «острова Свободы» и задействование ВМС с целью обнаружения советских субмарин секретной разведывательной системы SOSUS, привело к их обнаружению, однако 85 % сил Атлантического флота США смогли принудить к всплытию лишь 2 субмарины, а 2 остальные выполнили поставленную им боевую задачу.
Несмотря на то, что уже тогда СССР обнаружил наличие в Атлантике разведывательной системы SOSUS, о ней до сих пор предпочитают не вспоминать в открытой печати. SOSUS (Sound Surveillance System) представляла собой систему донных микрофонов, призванную отслеживать перемещение неприятельских подлодок.
27 октября зенитной ракетой во время разведывательного полета был сбит американский самолет-разведчик У-2, при падении которого погиб 25-летний пилот майор Р. Андерсон, ставший единственной американской жертвой этого кризиса. Но Кеннеди не стал педалировать этот инцидент, понимая, что право не на его стороне, а также делая ставку на прямые и секретные переговоры с советским лидером.
Как известно, 28 октября Н.С. Хрущев впервые признал факт наличия советских ракет на Кубе и согласился на их эвакуацию под международным контролем при участии США.
Но при этом США конфиденциально обязались демонтировать свои «Юпитеры» в Турции и отказаться от их размещения в Италии и Японии, а также гарантировали неприкосновенность «острову Свободы».
Тогда же США согласились на открытие советской военной базы в Лурдасе на Кубе, являвшейся форпостом советской технической разведки в западном полушарии, и ликвидированной в 2002 году.