Очень сложной оказалась и задача обеспечения требуемой точности при дальности, увеличенной втрое по сравнению с обычной МБР. При использовании автономной инерциальной системы управления того времени не обеспечивалось попадание даже в крупную площадную цель. На ранней стадии работ предлагалась комбинированная система управления с радиокоррекцией. В отличие от Р-9А, коррекция должна была осуществляться не в конце разгонного участка, а после отделения орбитальной ступени, что позволяло учесть также и ошибки отработки «главной команды», динамические возмущения в процессе отделения. Это обеспечивало точность лучшую, чем у обычной МБР, особенно при пусках глобальной ракеты по короткому маршруту – через северные, а не южные приполярные районы. Кроме того, наземные пункты радиоуправления можно было размещать не только вблизи стартовой позиции, но и по всей трассе полета на удалении до 700 км.
Однако даже такие широкие возможности по размещению пунктов радиоуправления не прельстили военных. В ходе испытаний на Новой Земле осенью 1961 г. в полной мере проявили себя эффекты пропадания радиосвязи при ядерных взрывах. Поэтому при согласовании правительственного постановления заказчик настоял на применении автономной системы управления. В результате для обеспечения требуемой точности впервые на боевой баллистической ракете применили инерциальную систему управления с астрокоррекций. Соответствующие проработки использовались в дальнейшем при создании морской ракеты Д-9 (4К-75) главного конструктора В.П. Макеева.
С учетом полученных от системы астрокоррекции данных о фактических орбитальных параметрах система управления уточняла момент включения двигателя орбитальной ступени. Для уменьшения влияния возмущений при входе в атмосферу служило устройство, названное «Регулятор движения головной части». Оно увеличивало сопротивление головной части и сбрасывалось в необходимый момент для регулирования дальности оставшегося полета.
ГР-1 выполнили по схеме с ферменными соединениями ступеней. Ракета отличалась очень большим удлинением (ее длина составляла около 36 м при диаметре 2,68 м) и даже внешне производила впечатление не слишком жесткой конструкции. Видимо, поэтому для нее приняли схему эксплуатации в транспортнопусковом контейнере.
На площадке 51 НИИП-5 (Байконур) началось оборудование стартовой позиции ГР-1. Тем не менее, по постановлению от 19 июня 1964 г. №524-315 разработку ракеты прекратили – в основном из-за успешного хода работ в ОКБ-586 по новой тяжелой МБР Р-36 (8К67). Модификация этой ракеты с орбитальной головной частью – Р-Зборб (8К69) – успешно решала задачи, стоящие перед ГР-1, а разнотипность оружия ракетных войск не сулила ничего хорошего.