Были и другие более серьезные оппоненты, среди них: хорошо знавший туркестанские степи и пустыни завоеватель Ташкента М.Г. Черняев, а также военный министр Д.А. Милютин и министр путей сообщения Посвет. Эти высокопоставленные противники Среднеазиатской дороги выдвигали, казалось бы, серьезные аргументы: во-первых, песок занесет рельсы очень скоро и, во-вторых, дорога не окупится.
Кауфман приводил выводы экспедиции 1877–1879 гг., которая установила, что в пустыне есть растительность и вода, и предложила свои способы закрепления насыпей и сыпучих песков.
Только в 1865–1880 гг. было подано 40 проектов строительства дороги. Среди соискателей были и иностранцы, предлагавшие проложить стальной путь из Европы в Индию.
Проекты активно обсуждались в изданиях: «Санкт-Петербургские ведомости», «Правительственный вестник», «Русская мысль», «Вестник Европы», «Новое время», «Журнал Министерства путей сообщений», «Русский инвалид», «Туркестанские ведомости», «Окраина», и др. В обсуждении участвовали английские, французские, итальянские, немецкие, польские и американские периодические издания. Можно говорить, что это была глобальная проблема.
На страницах газет и журналов обсуждалось только одно направление – Оренбург – Ташкент, однако судьбу Среднеазиатской дороги и ее направление в конечном счете решили, англичане. Они определили, в каком направлении пойдет Среднеазиатская дорога.
К 1878 г. Англия захватила Кабул и Кандагар и готовилась подчинить Герат и Афганский Туркестан. Это уже была чрезвычайная ситуация. Британия угрожала российской Средней Азии.
На многочисленных совещаниях в Военном министерстве было решено срочно строить Закаспийскую (то есть через туркменские пески) железную дорогу и осуществить вторую АхалТекинскую экспедицию во главе с генералом М.Д. Скобелевым. Окончательное решение было принято в 1880 г.
Готовясь штурмовать туркменский укрепрайон Геок-Тепе, М.Д. Скобелев предусмотрел строительство железнодорожного пути от побережья Каспийского моря к пункту концентрации эксплуатационных сил. Скобелеву не пришлось воспользоваться железнодорожной веткой, он продвинулся к туркменской крепости на верблюдах и лошадях раньше, чем путейцы успели уложить рельсы. Строительство дороги началось в декабре 1880 г., а туркменская твердыня была взята штурмом 12 января 1881 г. Однако строительство дороги продолжалось, и первые 217 верст до Кизыл-Арвата были пройдены путейцами 20 сентября 1881 г. Первая железная дорога в Средней Азии была проложена за 10 месяцев.
Дорогу строили военные и по-военному. Работами руководил талантливый человек, начальник передвижения войск в отряде М.Д. Скобелева генерал Михаил Николаевич Анненков. Специально для строительства дороги был сформирован 1-й Закаспийский железнодорожный батальон в составе 1080 нижних чинов, 25 офицеров, 30 инженеров и техников, нескольких военных врачей. Порядки на строительстве были армейские, и правонарушения подлежали рассмотрению военного суда. Проектировщиками и организаторами прокладки рельсового пути были только русские инженеры, которые учились за границей, изучали зарубежный опыт, но до той поры строили дороги только в Центральной России, на твердом грунте.