В первые годы присоединения Средней Азии к России российское правительство не имело четкого представления о взаимоотношениях с мусульманским духовенством, которое, в отличие от декхан и торгового сословия, отнеслось к вторжению в Туркестан русских войск и русской администрации крайне негативно. Именно мусульманские священнослужители бывали организаторами вооруженного сопротивления незваным пришельцам. В отличие от земледельцев и торговцев они имели четкую идеологизированную позицию в отношении чужеземного вторжения. С первых лет русского присутствия в Средней Азии многочисленное мусульманское духовенство составило стихийную, но осознанно стойкую оппозицию новой чужеземной власти.
Исходя из этого положения, оренбургский генерал-губернатор Н. Крыжановский, которому подчинялись новозавоеванные среднеазиатские земли, советовал правительству всячески ограничивать исламское духовенство, подрывать его влияние в народе, указывая, что именно оно является основным генератором антирусских настроений в среде коренного населения Туркестана.
Иной точки зрения придерживался губернатор созданной в 1865 г. Туркестанской области М.Г. Черняев, призывавший к сотрудничеству с мусульманским клиром, с тем чтобы сблизить его с российской системой государственного управления. После взятия Ташкента летом 1865 г. Черняев весьма либерально отнесся к мусульманскому духовенству, сохранил его основные привилегии и его влияние, но отменил только самые одиозные обычаи, прежде всего жестокие приговоры шариатского суда (членовредительство, побивание камнями осужденных и т. п.).
После того как Черняев был отстранен от должности за нарушения служебной этики и правил субординации, на должность туркестанского губернатора был назначен генерал-майор Д.И. Романовский, который отнюдь не благоволил к мусульманским священнослужителям и вскоре испортил отношения с ними. Романовский (не без совета из Петербурга) пытался внедрить в регионе выборные судебные органы — мехкеме, ранее учреждавшиеся на Кавказе. Эта новация должна была подорвать авторитет мусульманского духовенства, поскольку мехкеме возглавлялись русскими чиновниками, а из трех его членов только один мог быть исламским духовным лицом. Поэтому мусульманское духовенство сделало все, чтобы дискредитировать эти судебные органы, а заодно и начальника губернии. В Петербург пошли жалобы на весьма толкового и гуманного генерала Романовского.
Первый генерал-губернатор Туркестанского края Константин Петрович фон Кауфман, вступивший в должность в 1867 г., в своей религиозной политике старался учитывать как позитивный, так и негативный опыт своих предшественников. 22 января 1868 г. он встретился с депутацией мусульманского духовенства и произнес речь, содержавшую программу строительства отношений российских властей с исламским клиром. Он обещал последнему не вмешиваться в религиозную жизнь мусульман, но требовал от священнослужителей лояльного отношения к Российскому государству и его порядкам.