Андижанский мятеж совпал по времени с появлением в крае нового генерал-губернатора генерала от инфантерии Сергея Михайловича Духовского. Духовской был опытным администратором (до назначения в Туркестан служил генерал-губернатором Приамурья), тем не менее андижанская резня, случившаяся через полтора месяца после его назначения на новую должность, произвела на него сильное впечатление, и он, как это бывает с начальниками-новичками, решает действовать без промедления. Он старается осмыслить ситуацию, предпринимает ряд мер и о своих выводах и сделанных шагах докладывает самому Императору. В начале доклада сообщается неутешительный вывод:
«В течение трех с половиной веков русская власть не перестает вливать в покоренные мусульманские народы свои гуманные порядки, между тем и ныне приходится сознаться, что, несмотря на кажущуюся их полную покорность, позывы среди мусульман к восстаниям, подобным андижанским, возможны и в будущем..
Под влиянием поверхностных впечатлений некоторые учреждения к наружному выражению спокойствия в крае ошибочно присоединяют убеждение, будто душа мусульманина уже нами покорена. Азиатская лесть принимается за чистую монету, а страх перед нашей силой – за чистосердечную преданность. Такая ошибка весьма часто отражается на решениях по разным представлениям, исходящим из Туркестана, и влияет на задержание, иногда даже на совершенное отклонение самых благодетельных ходатайств местной власти» (читай: «в центре благодушествуют, а на местах приходится отдуваться!»).
Далее Духовской характеризует обстановку в Туркестанском крае, справедливо отмечая, что наиболее непримиримые противники российской власти – это суфийские ордена, объединения фанатиков, убежденных в своей правоте, что не могло не влиять на умонастроения масс, среди которых они вели антироссийскую пропаганду.
«Вместе с тем, – продолжает автор доклада, – русская администрация имеет в своем распоряжении самые ничтожные средства для культурной борьбы с мусульманством, для ослабления того вредного влияния, которое оказывают на внутренний быт туземного населения и направление его умов мусульманские школы, кази, ишаны и проч.
Достаточно сказать, что на 119 русских учебных заведений разных наименований в Сырдарьинской, Ферганской и Самаркандской областях приходится 5246 мусульманских училищ; а на шесть православных храмов в Ферганской области приходится 6134 мечети.
Вышеизложенное приводит к следующим выводам:
1. Ислам, в настоящем виде и силе, будучи учением крайне инертным и, безусловно, враждебным христианской культуре, исключает всякую возможность полного нравственного ассимилирования с нами наших нынешних подданных мусульман. Чистый мусульманин, крепко верующий в букву Корана и шариата, не может быть искренним, верным другом христианина.