В конечном итоге проект был забракован Ф.М. Керенским, который испытывал к Наливкину стойкую неприязнь. Главный инспектор училищ Туркестана убедил генерал-губернатора края, что осуществление проекта Наливкина вызовет возмущение мусульманского клира. Генерал-губернатор А.Б. Вревский, человек недалекий и не имевший собственного мнения, охотно дал себя уговорить отвергнуть начинания Наливкина, тем более что перед этим в 1892 г. случились волнения в Ташкенте. Туркестанская администрация утратила возможность влиять на деятельность медресе и получать информацию о внутренней жизни этих коранических училищ. Была упущена возможность влиять на подбор преподавателей, тем более что сами студенты часто жаловались в инспекцию мусульманских училищ (главой которой был Наливкин) на плохую профессиональную подготовку своих учителей, имеющих «большие связи», позволявшие им занимать преподавательские должности не по праву[566]. Кстати, все тот же Наливкин хорошо знал преподавательский состав многих медресе и знал, кто чего стоил, но русская администрация не сочла нужным воспользоваться его «банком данных». Несмотря на приказы и циркуляры начальника края, требовавшие от уездных начальников контролировать выборы преподавателей медресе, все осталось по-прежнему; русские чиновники не желали вмешиваться в мусульманские дела и портить отношения с влиятельными людьми из среды исламского клира.
Следует сказать об особой (негативной) роли Бухары, соседствовавшей с Туркестанским краем, но не имевшей с ним официальной границы. Российское правительство могло эффективно влиять на политику эмира, но влиянием на бухарский исламский клир оно не располагало. Бухара и в конце XIX, и в начале XX в. сохранила ореол «светоча мусульманской мудрости»; консервативное, закоснелое в своем догматизме бухарское духовенство оказывало сильное влияние на исламских священнослужителей Туркестана, укрепляя в них консерватизм и неприятие всего нового, в том числе и попыток российских властей осовременить весь строй жизни коренного населения.
Учитывая репутацию Бухары как негасимого факела исламской учености, уже с конца 1870 г. многие студенты туркестанских медресе перебрались в бухарские религиозные учебные заведения, чтобы «припасть к источнику истинного ислама». Получив заряд фанатизма и консерватизма, они возвращались в Туркестанский край проповедниками ветхозаветных нравов и антироссийских настроений. Многие из этих «вкусивших истинной мудрости» становились преподавателями в медресе Туркестанского края. Российские власти поздно заметили опасность такой «идеологической интервенции». По рекомендации многоопытного Н.П. Остроумова генерал-губернатор А.В. Самсонов только в 1910 г. издал циркуляр, запрещавший выезжать на учебу в Бухару без специального разрешения российских властей. Однако из-за отсутствия границы между эмиратом и Туркестанским краем эта мера оказалась малодейственной: тысячи людей, в том числе жаждущих получить «истинно исламское образование», свободно перемещались в обоих направлениях.