По приказу начальника города были закрыты для захоронения 12 старых в черте города кладбищ – осталось доступным только одно за городом, что создавало большие неудобства для родственников умершего: покойного мусульманина несут на кладбище на руках. Омовение усопших, чего требует шариат, также было затруднено из-за быстрого разложения тел. Как результат, по городу поползли слухи, будто русские специально задерживают похороны (по шариату, кстати, покойника следует похоронить как можно скорее), чтобы погубить правоверных с помощью холеры.
Достаточно было искры, чтобы вспыхнул бунт. Власти пригрозили, что накажут виновных, похоронивших покойников тайно без необходимого осмотра, и 24 июня 1892 г. в старом городе собралась толпа, решившаяся расправиться с хакимом (главой местной старогородской администрации Мухаммедом Якубом Карыбердыевым). Узнав, что хаким находится в канцелярии начальника города Путинцева, возмущенные жители Ташкента ринулись в русскую часть города. Путинцев встретил толпу стоя на пороге своего присутствия, попытался увещевать разъяренных людей, но был повален на землю и избит. Бунтовщики уже собирались ворваться в служебное помещение, но тут раздался слух, что скоро подойдут солдаты и прискачут казаки. Толпа обратилась в бегство, при этом в толчее многие попадали в глубокий канал Анкор-арык, разделявший старую и новую части Ташкента. Более 80 человек утонули.
К этому времени военный губернатор Сырдарьинской области генерал Н.И. Гродеков получил донесение о холерном бунте и поспешил к месту событий с сотней солдат. Отряду Гродекова удалось без труда очистить от мятежников русскую часть города, а затем солдаты погнали бунтарей в мусульманский город. Оказавшись у себя дома, жители старой части разбежались по узким улочкам и оказались за спинами русских солдат.
По приказу военного губернатора один из его офицеров, хорошо знавший узбекский язык, предложил толпе разойтись, пригрозив расстрелом. Офицер повторил угрозу несколько раз, но толпа не подчинилась. Некоторые бунтующие стали рвать на себе рубахи и кричать: «Стреляй!» В солдат полетели камни. Кто-то кричал, что солдатские винтовки заряжены холостыми патронами. В конце концов солдаты открыли огонь. После двух залпов толпа разбежалась. Десять человек были убиты, несколько серьезно ранены.
Холерный бунт произвел на жителей нового города шокирующее впечатление – они привыкли к спокойной жизни. Многие почувствовали шаткость власти и собрались покинуть край. Было проведено расследование, и 60 участников мятежа предстали перед военным судом: 25 человек были оправданы, восемь приговорены к повешению, остальным присудили тюрьму и ссылку; позже генерал-губернатор барон А.Б. Вревский помиловал осужденных к смертной казни, заменив виселицу тюремным заключением