Готовясь к наступательным действиям, российское правительство учитывало внутреннюю обстановку в Кокандском ханстве, где обострялась межфеодальная и межплеменная борьба. Возмущенные новым налогообложением кочевники-казахи осадили Ташкент, в Ферганской долине восстало племя кипчаков. Хан Худояр был вынужден бежать в Маргилан.
В конце 1862 г. обстановка в Средней Азии серьезно беспокоила российское правительство. Стало известно, что англичане произвели необходимые приготовления к открытию судоходства по Амударье. Милютин по этому поводу писал: «Мы должны во что бы то ни стало противодействовать этому покушению». Правительственная машина прибавляла обороты.
Помогли все те же англичане. В связи с восстанием 1863 г. в Польше во французской и британской печати началась долговременная, настойчивая кампания против России. Как всегда это бывало, инициаторы русофобской кампании добились результатов, противоположных ожидаемым: нерешительный и невоинственный Император Александр II принял сторону своих решительных советников из военного ведомства. Д.А. Милютин подготовил доклад о наступательных действиях в Средней Азии, 20 декабря 1863 г. этот доклад был утвержден царем и стал программой действий в Средней Азии.
Императорский указ от 20 декабря 1863 г. знаменовал начало нового этапа во внешней политике России в Средней Азии. К концу 1863 г. фактически был завершен период разведывательных экспедиций, дипломатических переговоров, случайных военных походов против того или иного города, той или иной среднеазиатской крепости. В 1864 г. началось планомерное проникновение российских войск в сердце Средней Азии. К 1864 г. ближайшей целью военных было занятие линии Сузак – Аулие-Ата, а конечной и важнейшей целью – включение в состав Российской империи Ташкента и Туркестана, заключение выгодных договоров с правителями среднеазиатских ханств и укрепление в них российского влияния.
Колониальные империи создавались отнюдь не по каким-либо заранее продуманным и хорошо просчитанным планам – таких планов не имели не только умом непостижимая Россия, но и рассудочный Запад. Так было в древнеримские времена, и точно так же в XIX в., весьма просвещенном и рациональном. Имперские границы в Новое время раздвигали те конкистадоры, что находились вблизи этих границ, причем чаще всего без соизволения центральных властей; более того, власти, хорошо знавшие и свое международное положение, и свое финансовое состояние, категорически не желали расширения имперской территории, однако бывали вынужденными принимать территориальные приращения.