Вместе с тем протеже Троцкого тоже остался на должности начальника Штаба РККА. Правда, уже вскоре Тухачевский почувствовал, что его полномочия стали значительно сужаться. 13 ноября из структуры штаба были выведены Инспекториат и Управление боевой подготовки, а затем изъяли 4-е (разведывательное) управление. Выражая недовольство этими реорганизациями, 31 января 1926 года в письменном докладе наркому Тухачевский просил возвращения «Разведупр» в его подчинение, намекая, что при неудовлетворении условий он намерен просить об отставке. Но в конце доклада обнаруживалось, что главной причиной его демарша являлось обострение отношений начштаба с заместителем Ворошилова Уншлихтом. Впрочем, эта недружественность проявилась еще в начале 20-х, когда Уншлихт — член РВС Западного фронта и куратор разведки — встретил без особого пиетета назначение Тухачевского новым командующим. И хотя по поводу Разведуправления был достигнут определенный компромисс, функциональные возможности Тухачевского продолжали сокращаться. 26 февраля из Штаба РККА была изъята мобилизационная работа, а 22 июля передан в Главное управление РККА Военно-топографический отдел. Последнее обстоятельство вызвало новый конфликт. Теперь уже между Тухачевским и начальником ГУ С. Каменевым.
Еще один конфликт, а скорее идейное противостояние, перманентно возникал у Тухачевского с профессором А. Свечиным. Как уже говорилось, еще в годы Гражданской войны Тухачевский изобрел свою собственную стратегию. В мае 1925 года, выступая на 7-м Всебелорусском съезде Советов, командующий Западным военным округом провозглашал: «Мы уверены и Красная Армия уверена, что... Советская Белоруссия, послужит тем оплотом, от которого пойдут волны революции по всей Европе... Да здравствует мировая революция!»
Обосновывая боеготовность армии, Тухачевский утверждал: «В техническом отношении мы достигли западноевропейских государств... Танки мы имеем хорошие и в этом отношении можем состязаться с нашими соседями. Конница наша является лучшей конницей в мире... Наша авиация является одним из самых блестящих родов войск...» И, заключая выступление, он прямо потребовал: «Нам нужно только, чтобы Белоруссия поставила в порядок своего дня вопрос о войне(!)». Практически это был милитаристский призыв к войне с Польшей, но скорее Тухачевский просто произносил напыщенные слова. В действительности состояние армии в это время выглядело далеко не блестящим. На первое января 1926 года вся Красная Армия насчитывала всего 610 тысяч человек и имела на вооружении: 6987 орудий, 30 162 пулемета, 60 танков, 99 бронеавтомобилей, 42 бронепоезда, 694 самолета[18]. Причем вся эта военная техника была на уровне допотопных образцов Первой мировой войны.