И все же такое просто не могло продолжаться долго. Его непосредственный начальник, капитан второго ранга Джерри Эйджи начал сомневаться в надежности Полларда после того, как дважды уличил его во лжи по каким-то пустяковым поводам. Эйджи стал наблюдать и вскоре обратил внимание, что на столе Полларда скапливалось огромное количество совершенно секретных документов, не имевших отношения к его работе. 25 октября 1985 года, в пятницу, один из его сослуживцев сообщил, что Поллард ушел с работы с большим пакетом распечаток из компьютерного центра. Удалось установить, что он только что получил материалы телеграфной переписки по Ближнему Востоку. Эйджи повторил проверку и заметил, что Поллард снова собирал (к пятнице) дополнительные совершенно секретные материалы. Контрразведка ВМС установила скрытые телевизионные камеры около рабочего места Полларда; в первый же день стало очевидно, что он «создавал личную библиотеку» разведывательных материалов. Так и получилось, что только 18 ноября 1985 года он был задержан. Контрразведка ВМС допрашивала Полларда в течение трех дней, но ему разрешалось поддерживать связь с внешним миром. Джей позвонил жене и передал условный сигнал немедленно убрать из дома все секретные документы.
Энн поступила еще более непрофессионально: попросила соседку, Кристину Эсфандери, дочь кадрового офицера ВМС, взять чемодан с документами и отвезти ей в отель «Фор сизонс». Кристина на следующее утро позвонила в контрразведку и сказала: «У меня есть кое-какая секретная информация, которая может быть вам полезна». Но неразбериха продолжалась; после первых допросов Полларда взяли и отпустили; естественно, Джонатан тут же связался с Ягуром и потребовал срочной эвакуации. Тут и оказалось, что у «Лакам» нет никакого плана бегства Полларда. Агента просто бросили. Селла и Ягур через Нью-Йорк вылетели в Израиль; Ирит Эрб и ее босс, заместитель атташе от «Лакама» Илан Равид, вылетели в Израиль из Вашингтона.
Но сведения о шпионской деятельности Полларда уже вышли из контрразведки ВМФ и были подхвачены ФБР. Бюро установило наблюдение и за супругами Поллард, и за представительствами Израиля в США: было выдвинуто предположение, что именно там они попытаются найти убежище. И действительно, 20 ноября 1985 года Поллард позвонил руководителю службы безопасности посольства, который предложил американцу приехать в посольство, если он сумеет оторваться от слежки. Разговор был перехвачен. 21 ноября 1985 года агенты ФБР ожидали Полларда на внешней парковке у посольства. Его арестовали и предали суду.