Организационные принципы «Народной воли» впоследствии станут не только шаблоном для террористических организаций, но и для ряда тоталитарных партий, например, для РСДРП или НДСАП.
Формируя концепцию организации, Исполнительный комитет (ИК) «Народной воли» исходил из четкого разделения членов на «сторонников» революционных преобразований (т. е. тех, кто теоретически поддерживает идею о необходимости таких преобразований), и на тех, кто их осуществляет практически. По мысли членов ИК, сообщество людей на основе приверженности каким-либо политическим идеям не имеет количественного ограничения и не обязательно располагается в четких организационных структурах. Но вот сообщество людей, объединенных не только общими идеями, но и общей деятельностью во имя и для осуществления этих идей, обязательно численно ограничено и жестко организационно структурировано. Один из вожаков «Народной воли», Александр Михайлов, это формулировал так: «Партия — это определенная группа людей единомыслящих, не связанных между собою никакими взаимными обязательствами. Организация же, кроме непременного условия единомыслия, предполагает уже известную замкнутость, тесную сплоченность и полную обязательность отношений. Партия включает в себя организацию, но последняя определенно ограничена в ней самой. Партия — это солидарность мысли, организация — солидарность действия».
Учитывая, что социально-политическая система самодержавной Российской империи не содержала реальных механизмов разрешения политических конфликтов в обществе ненасильственным путем, то народовольцы в известной мере были «обречены» встать на путь террористической борьбы (надо еще ведь учитывать полнейшее неравенство сил — за самодержавием были репрессивный аппарат и армия). Не признанная консервативным большинством населения, подпавшая под постоянные репрессии исполнительной власти, социал-револю-ционная частичка населения (даже в среде интеллигенции это была лишь небольшая часть) должна была или сойти с политической сцены, или же ответить на насилие (не только против нее, но против всего радикального) насилием.
Партией «Народная воля» никогда не была, как, впрочем, любая террористическая организация. Всякая партия, легальная или нет, основана на принципе равноправия своих членов, на возможности избирать руководящие органы и быть избранным в них. Народовольцы же создали законспирированную полувоенную организацию с жесткой дисциплиной и иерархией; равные права, да и то не в полной мере, были только у членов ИК. Сам же Исполнительный комитет исполнял только свою собственную волю, а не решения партийных съездов, конференций или пленумов, и осуществлял авторитарно-централизованное руководство всей организацией. Вся сеть кружков и групп, созданных вокруг Исполнительного комитета, не только полностью зависела от него, но и не имела права ничего знать о его деятельности. Более того, устав ИК определял четкие дисциплинарные требования ко всей организации, которые установили иерархию посвященности в секреты организации (структуру так называемых «агентов ИК» различных ступеней). Для осуществления терактов при ИК были созданы специальные боевые группы. Численность каждой не превышала десяти человек. В каждой из них работал как минимум один член ИК. Эти боевые группы осуществляли спланированные ИК теракты, а в момент вероятного политического переворота (надеждой на него и вдохновлялись народовольцы) они должны были стать основной ударной силой (или основой силовых структур) ИК.