Личное знакомство государя и «поповича» относят к 1806 году, тогда же Сперанский получает «Владимира» третьей степени. Сперанский был введен в «Комитет для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства» и сделал много полезного.
В конце 1808 года Александр I поручил Сперанскому разработку плана государственного преобразования России. В октябре 1809 года проект под названием «Введение к уложению государственных законов» был представлен императору. По сути, это был прообраз Конституции, которая должна была превратить феодальную Россию в «нормальную» страну, с многоступенчатой системой выборов, с правами, правда не равными, для всех сословий, с разделением власти на законодательную, исполнительную и судебную. При этом документ был абсолютно промонархическим.
Проект встретил упорное противодействие сенаторов, министров и других высших сановников, и Александр I не решился его полностью реализовать. Это уже не был прежний молодой государь, любовавшийся собственным якобинством. К тому времени Александр получил чувствительный военный удар от Наполеона под Аустерлицем, отразившийся на популярности политики российского монарха.
Говорят, что Наполеон, увидавший Сперанского на свидании императоров в Эрфурте, шутя предложил Александру забрать к себе его министра в обмен на какое-нибудь королевство. Наверняка эта острота запала в душу мнительного государя. Достоверно известно, что Сперанский получил в награду от Наполеона за участие в сложных переговорах золотую табакерку (с портретом), усыпанную бриллиантами.
В январе 1810 года, при преобразовании Непременного совета в Государственный. Сперанский стал его главой, фактически вторым по влиянию человеком в государстве. Хоть и осторожные, но все-таки реформы, проводимые Михаилом Михайловичем, вызвали обширное недовольство со стороны дворянства и чиновничества. Мало кто понимал суть его планов, мало кто оценил финансовые реформы, позволившие «залатать казну», зато очень многие ненавидели Сперанского за его инновации в сфере присвоения чинов и получения за них всяческих благ.
Сперанский даже подавал в отставку, которую Александр не удовлетворил. В день своего 40-летия Сперанский был удостоен ордена Александра Невского, но по сдержанности церемонии было ясно, что «звезда» реформатора начинает тускнеть. Политическим противником Сперанского выступил и уважаемый императором Николай Карамзин, который лично представил государю свою «Записку о древней и новой России». Карамзин был убежден, что «всякая новость в государственном порядке есть зло, к коему надо прибегать только в необходимости», а еще большее зло – обучать добрый русский народ западноевропейским примерам. Считается, что эта «Записка» Карамзина сыграла решающую роль в отношении к Сперанскому, который позволял себе высказывать императору упреки за непоследовательность реформ. К тому же Александр I все время подозревал госсекретаря в симпатии к Наполеону. Буквально накануне Отечественной войны 1812 года Александр I объявил Сперанскому о прекращении его служебных обязанностей.