В марте 1804 года по приказу Наполеона был расстрелян герцог Энгиенский, последний потомок французского аристократического рода Конде, являвшегося боковой ветвью Бурбонов. На свою ноту протеста Александр получил хлесткий ответ: когда в России был безнаказанно убит Павел I, Франция с подобными протестами не выступала.
Последовал разрыв отношений с Францией, создание большой коалиции против Наполеона, но в этот период удача была на стороне «Буонапарте», как его презрительно называли в России. При Ульме были разгромлены австрийские войска. Русская армия, которой тогда командовал ученик Суворова и опытный царедворец Кутузов, отступила в Моравию. Кутузов вообще был против решающего сражения, но императоры – русский и прусский – его не послушались. Во время Аустерлицкого сражения 20 ноября 1805 года во главе своих войск находился лично Александр I, здесь союзные войска потерпели сокрушительный разгром, а сам русский император едва спасся при паническом отступлении.
Поражение надолго вселило в императора неуверенность в своих полководческих способностях, но все равно обвинения достались Кутузову за «лживый характер», поскольку, мол, он не настоял на отказе от сражения. Генерал-лейтенант А. Ф. Лонжерон был уволен, генерал-лейтенант И. Я. Пржибышевский и генерал-майор И. А. Лошаков отданы под суд, был лишен отличий Новгородский мушкетерский полк.
Не удавалось и заключить твердый союз против Наполеона с Пруссией, которая в буквальном смысле работала «на два фронта». Тем не менее в течение 1806–1807 годов. между Россией и Пруссией были заключены несколько соглашений о военном сотрудничестве. И когда в 1806 году немцы потерпели ощутимые поражения, дело могло бы закончиться полным покорением Пруссии, не приди ей на помощь русские войска под командованием Каменского и Беннигсена.
Наполеон тоже нес сильные потери и стал подумывать о мире. И в 1807 году последовал весьма неприятный для нашей страны договор в Тильзите, который в русском обществе был воспринят резко отрицательно.
Внешне отношения двух императоров выглядели буквально как братание. Они так и обращались друг к другу – «брат мой!». Ходили в гости пешком и без охраны, Наполеон подчеркивал, что Александр вовсе не пленник, хотя французские войска располагались поблизости. Когда Александр предложил пригласить на переговоры еще и прусского монарха, Наполеон категорично заявил: «Я часто спал вдвоем, и никогда – втроем!»
По Тильзитскому трактату (1807) Россия приобретала Белостокскую область; император Александр уступил Наполеону Каттаро и республику 7 островов, а Иеврское княжество – Людовику Голландскому, признавал Наполеона императором, Иосифа Неаполитанского – королем обеих Сицилий, а также соглашался признать титулы остальных братьев Наполеона, настоящие и будущие титулы членов Рейнского союза. Император Александр взял на себя посредничество между Францией и Англией и, в свою очередь, выразил согласие на посредничество Наполеона между Россией и Портой. Наконец, по тому же миру «из уважения к России» прусскому королю возвращены были его владения. Тильзитский трактат подтвержден был Эрфуртской конвенцией (30 сентября. 1808 года), причем Наполеон тогда же согласился на присоединение Молдавии и Валахии к России.