В ходе сражения выявились недостатки в защите и конструкции корпуса, которые прежде всего сказались на живучести боевых рубок. Их выход из строя парализовал управление не только отдельных броненосцев, но и эскадры в целом. Боевая рубка флагманского броненосца "Князь Суворов'7 фактически перестала существовать как орган управления после первого попадания. Приборы управления кораблем и артиллерией вышли из строя. То же самое случилось и с боевой рубкой броненосца "Бородино". В боевой рубке броненосца "Орел" после попадания трех 152-мм и двух 203-мм снарядов уцелел только штурвал рулевого управления. Наиболее неудачным элементом в конструкции боевых рубок новых броненосцев являлась крыша. Она имела грибовидную форму и была приподнята над броневым цилиндром, а ее края, свисая в виде козырька над вертикальной броней рубки, образовывали зазор в 305 мм, через который осколки снарядов беспрепятственно проникали внутрь, поражая людей и выводя из строя органы управления кораблем.
Бронирование основания боевой рубки заканчивалось на уровне верхней палубы, поэтому снаряды, разрывавшиеся у основания носового мостика, причиняли тяжелые разрушения. Ходы сообщения из боевой рубки в нижние помещения, в том числе в центральный пост, не бронировались.
Броня башен 305-мм орудий успешно выдерживала попадания японских снарядов того же калибра, но часто выходили из строя электроприводы башенных механизмов вследствие нарушения контактов электрических соединений и обрывов кабелей, трассы которых не бронировались. Менее надежными оказались башни 152-мм орудий. Броневые плиты отставали от рубашек. Это указывало на неправильную систему броневых креплений. 50-мм броня палубы и 76.2-мм броня казематов выдерживали разрывы 305-мм фугасных снарядов, впрочем, как и верхний броневой пояс толщиной 152 мм и броня башенных установок.
Однако от сотрясения при взрыве нарушались крепления броневых плит. Они отставали от рубашки, поворачивались вокруг своего центра тяжести и, вдавливаясь в борт, срывались с мест. Именно срыв броневых плит в носовой части верхнего броневого пояса при повторных попаданиях снарядов в одно и то же место способствовал гибели броненосца "Ослябя". Нарушения креплений и срывы броневых плит верхнего броневого пояса, башен 152-мм орудий и боевой рубки наблюдались и на броненосце "Орел".
На большинстве кораблей типа "Бородино" клетчатая конструкция корпуса, расположенная ниже ватерлинии, сохранилась неповрежденной. Поэтому даже с совершенно разбитым небронированным бортом корабли могли оставаться на плаву, если бы они были в состоянии поддерживать вертикальное положение. Однако на большинстве броненосцев отсутствовали специальный пост и оборудование, с помощью которых можно было централизованно осуществлять борьбу за живучесть и быстро выравнивать опасный крен, заполняя водой отсеки противоположного борта.