В целом территория верфи была застроена бессистемно, мастерские и другие сооружения располагались относительно эллингов неудобно и не обеспечивали поступательного движения судостроительных материалов в процессе их обработки в направлении от складов к стапелям.
При достройке броненосца "Бородино" особенно остро сказалось отсутствие достроенного бассейна, заставившее держать корабль у конца дамбы непосредственно на Неве. Но, несмотря на нерациональное расположение обрабатывающих цехов и устаревшее оборудование, стоимость одного пуда корпуса судна на верфи Галерного островка примерно равнялась стоимости пуда американских броненосцев (12,45 руб.) . Это достигалось за счет беззастенчивой эксплуатации рабочих. В период подготовки к походу 2-й Тихоокеанской эскадры, когда верфь работала наиболее интенсивно, количество рабочих на Галерном островке достигало 3000 человек.
Таким образом, к моменту закладки линейных кораблей "Гангут" и "Полтава" Галерный островок, представлявший идеальное место для постройки крупных кораблей, располагал только двумя стапелями, один из которых нуждался в расширении. Остальное хозяйство завода находилось в довольно беспорядочном состоянии.
В 1908 г. была проведена реформа в административно-хозяйственном управлении верфей Галерного островка и Нового адмиралтейства. Обе верфи объединили под общим руководством, образовался Адмиралтейский судостроительный завод, куда вошли также судостроительные мастерские Санкт-Петербургского порта. Начальником завода назначили корабельного инженера П.Е. Черниговского, а главным корабельным инженером объединенных верфей — Д.В. Скворцова, который имел двух помощников. При этом Адмиралтейский и Балтийский судостроительные заводы стали иметь общее правление, членами которого одновременно являлись оба начальника заводов.
Вопрос о перепланировке Галерного островка, постройке новой судостроительной мастерской и бассейна для достройки судов неоднократно поднимался П.Е. Черниговским и Д.В. Скворцовым перед Морским министерством. Инженерами Н.И. Дмитриевым и В.В. Колпычевым было разработано несколько вариантов проекта перестройки верфи. В нем предусматривалось, прежде всего, строительство закрытого бассейна для достройки самых крупных броненосцев и сооружение новой судостроительной мастерской. Для устройства бассейна предлагалось углубить и расширить правый рукав Фонтанки, впадающий в Неву, и присоединить к верфи часть территории, находившейся за этим рукавом. Планировалась также установка шеститонного крана с вылетом стрелы не менее 18 фут. (5,5 м) для погрузки оборудования и установки броневых плит. По размерам бассейн должен был вмещать одновременно два самых крупных корабля. Предполагалось соорудить через правый рукав Фонтанки плавучий мост и соединить Галерный островок железной дорогой с железнодорожной веткой Путиловского завода.