4 января 1859 года Барт вернулся в Берлин и, решив обосноваться здесь, снял на Шеллингштрассе квартиру. Дальнейшая его судьба в значительной степени зависела от друзей, Он знал, что сможет полностью на них положиться. Его патрон Бунзен писал ему накануне нового, 1857 года: «Вы очень красочно описали то, что принес Вам ушедший год. Меня радуют мудрость и точность Ваших наблюдений. Нет лучшей школы жизни, чем сама жизнь, а цена за приобретенную мудрость никогда не бывает слишком высокой. Разумеется, Вам было очень тяжело, но Ваше ревностное стремление к истине и самоотверженное служение великому делу, которому Вы посвятили последние годы в Африке и в Европе, помогли преодолеть все трудности и помогут в дальнейшем. Желаю Вам также удачи и здоровья после перенесенного почти сверхчеловеческого напряжения и лишений».
Ободряющее письмо послал ему и его учитель Бёк: «Если бы наши жизненные пути разошлись, я все равно бы помнил о Вас, даже если бы Вы и не достигли благодаря полным опасностей экспедициям всеобщего признания. Дружба идет от сердца, уважение — плод разума. Я же был к Вам сердечно расположен с тех самых пор, как познакомился с Вами…»
«Нестор» науки Александр Гумбольдт также заверил его в своем глубоком уважении в письме от 26 февраля 1859 года: «Я сильно сконфужен, дорогой коллега, что страх перед Вашим непреодолимым для меня третьим этажом… так долго препятствовал посетить того, кого мы хотели бы полностью назвать своим, того, кому мы обязаны открытием целой части света. Я на днях серьезно беседовал с Риттером и регентом[34] о Ваших пожеланиях и надеюсь, что все они будут удовлетворены».
Но судьбе угодно было распорядиться иначе: за очень короткий промежуток времени все три покровителя умерли: Карл Риттер — 28 февраля 1859 года, Александр Гумбольдт — 6 мая 1859 года, Кристиан Карл Иозиас Бунзен — 28 ноября 1860 года. Особенно тяжелой для Барта была потеря Риттера, хотя это печальное событие и стало поворотным этапом в его судьбе. Место Риттера как председателя Географического общества занял профессор Дове, а Барт был избран вторым председателем. Когда же Дове в апреле 1863 года в связи с загруженностью сложил с себя обязанности первого председателя, Барт занял его место. С особым энтузиазмом он работал над созданием фонда Карла Риттера — для поощрения путешествий, имеющих научные цели. К первым мероприятиям, проведенным с помощью этого фонда, относилось выяснение судьбы пропавшего без вести в Африке (в мае 1855 года) Эдуарда Фогеля. В Комитет фонда, основанный в июле 1860 года, вошли Генрих Барт, Юстус Пертес и Август Петерман.