Войско направилось к Смоленску. После сдачи Смоленска 23 сентября царь вернулся в Вязьму. Весной 1655 г. предпринят был новый поход. 30 июля царь совершил торжественный въезд в Вильну (ныне — Вильнюс) и принял титул государя Полоцкого и Мстиславского, а затем, когда взяты были Ковно и Гродно, великого князя Литовского, Белой России, Волынского и Подольского. В ноябре царь вернулся в Москву. В это время успехи Карла X, короля шведского, завладевшего Познанью, Варшавой и Краковом, изменили ход военных действий. В Москве стали опасаться усиления Швеции за счет Польши. С целью занять денег для ведения войны с Польшей и Швецией Алексей Михайлович направил в 1656 г. в Венецию дипломата Ивана Чемоданова, но его посольство не выполнило своей задачи. Осенью 1656 г. с Речью Посполитой было заключено Виленское перемирие.
Быстрая победа над Польшей активизировала вторую старую противницу Москвы, Швецию, которая хотела сохранить польские порты на Балтике. Хотя Алексей Михайлович мог бы прийти к соглашению со шведами, но летом 1656 г. он решился на войну, поскольку боялся их совместных действий с ненадежными казаками.
15 июля 1656 года царь двинулся в поход в Ливонию и по взятии Динабурга и Кокенгузена осадил Ригу. Осада снята была из-за слуха, что Карл X идет в Ливонию. Дерпт был занят московскими войсками. Царь отступил в Полоцк и здесь дождался перемирия, заключенного 24 октября 1656 года. В 1657–1658 годах военные действия продолжились с переменным успехом. 20 декабря 1658 года было заключено Валиесарское перемирие со шведами сроком на три года, по которому Россия удержала часть завоеванной Ливонии (с Дерптом и Мариенбургом). Окончательный мир заключен в Кардисе в 1661 году; по этому миру Россия уступила все завоеванные места. Невыгодные условия Кардисского мира вызваны были смутами в Малороссии и новой войной с Польшей.
Москве нужно было как можно скорей прийти к мирному соглашению со Швецией, которое было заключено в 1661 г. в Кардисе на основе Столбовского мирного договора это означало возврат ливонских завоеваний и торговые привилегии для шведских купцов.
После смерти Богдана Хмельницкого в июле 1657 года на Чигиринской раде казацкая старшина возложила гетманские обязанности на Ивана Выговского, но только до достижения Юрием Хмельницким совершеннолетия.
На Корсунской раде 21 октября 1657 г. в атмосфере острых противоречий Иван Выговский был избран гетманом Украины. Уже в октябре 1657 г. гетман столкнулся с мощной оппозицией. Всецело поддержанному Москвой гетману удалось вначале разгромить оппозиционеров, во главе которых стояли полтавский полковник Мартын Пушкарь и кошевой атаман Яков Барабаш, но противоречия внутри казацкого общества продолжали накаляться. Увидев усугубление гражданской войны, Москва все настойчивее предлагает гетману свою помощь в усмирении беспорядков и «бунта», а оппозицию уговаривает подчиниться гетману.