Пилоты считают ИНС практически безошибочной. Но и кроме нее на «боинге» были другие средства навигации, в частности радиоаппаратура для слежения за наземными радиомаяками. Вдобавок, экипаж мог воспользоваться маяком в пункте Бетел к юго-западу от Анкориджа.
007 начал отклоняться от курса немедленно после взлета. Диспетчерский пункт аэропорта Анкориджа отметил, что на полпути к цели 007 был уже в 6 милях к северу от курса. Но это экипаж не смутило — времени для поправки было много. Через 50 минут после взлета 007 радировал, что он прошел Бетел. Но, как показывают записи с военного радара США в Кинг-Сэлмоне, самолет в действительности прошел на дюжину миль севернее.
Этот момент являлся критическим в нескольких отношениях. Хотя самолет менял курс еще несколько раз, направление, которое он взял у Бетела, вело его в глубь советской территории, в район, который на навигационной карте Чуна был обведен жирной синей линией с надписью: «Внимание! Самолет приближается к зоне, где он может быть обстрелян без предупреждения». Самолет никаким образом не мог оказаться у Бетела, если бы экипаж вел его по маршруту Ромео-20. ИНС вывела бы его к контрольному пункту. То же самое сделал бы автопилот, нацеленный на радиомаяк Бетела. Если бы и ИНС, и автопилот не работали, проход над этой точкой обязывал капитана проверить навигационные инструменты.
Более того, обычный магнитный компас в пилотской кабине (независимый от остальных систем) показал бы отклонение от маршрута и с продолжением полета показывал бы его все более явно. Думать, что 007 случайно сбился с курса у Бетела, — означает поверить, что командир и экипаж виновны в сверхъестественном разгильдяйстве и невнимании. Поэтому возможные объяснения случившемуся строго ограниченны.
Либо и ИНС, и автопилот вышли из строя, а команда не заметила желтой вспышки на панели приборов, сигнализировавшей об этом. К тому же экипаж должен был не обращать внимания на компас и радар, показывавшие совсем другую линию побережья Аляски, чем та, через которую они должны были пролетать.
Либо ложная программа полета умышленно была заложена в ИНС самолета в Анкоридже с целью полета над советской территорией, что нельзя было сделать без ведома экипажа, особенно учитывая тот факт, что они дали ложные сведения о своем проходе над Бетелом.
007, все более отклонявшийся от маршрута Ромео-20, был на нем не один. В 13.14 следом за ним из Анкориджа вылетел рейс 015. И здесь происходили необычные вещи. Если бы 007 летел по маршруту, то 015 нагонял бы его. Следующий после Бетела контрольный пункт 015 прошел с опережением графика около 9 минут. Опытный американский пилот Роберт Эллардайс посчитал, что скорость его была гораздо выше принятой. 007, с другой стороны, замедлил движение, и, таким образом, получилось, что значительную часть пути оба самолета шли близко один от другого параллельными курсами.